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• parse_data_file ignores the 'Atoms # <style>' header and misreads full-style files without bonds

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

  ziatdinovmax/SciLink#795 · 1 commento · Aperta il 28/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Health gate: derive system-aware plausible bounds from the goal/references, not fixed frontmatter numbers

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 29 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#783 · 1 assegnatario · Aperta il 10/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Autonomous runs need an engine-neutral health gate + per-member watchdog

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  ziatdinovmax/SciLink#781 · 1 assegnatario · Aperta il 9/10/2026

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• Swarm reactions act on one finding; a swarm item's plan cannot be revised with later evidence

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  ziatdinovmax/SciLink#773 · Aperta il 7/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Follow-ups from #768: RMS as a measured quantity, error-metric prefixes, a cancel test through a real wait

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 56/100

  ziatdinovmax/SciLink#771 · Aperta il 7/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Simulation swarm shapes: replica ensembles, method sweeps, and convergence ladders as items on the HPC placement

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 32 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#767 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 6/10/2026

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• Parallel fan-out members: concurrent dispatch for campaign stages (the run_many seam)

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 33 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100

  ziatdinovmax/SciLink#745 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 4/10/2026

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• Hyperspectral series: the replay gate's plausible-range rule rejects a correctly tracked drift, costing a refit per dataset

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  ziatdinovmax/SciLink#731 · Aperta il 3/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Design: shared replay gate and verdict record across the analysis agents (extract, then fix #711, #710, #699)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  ziatdinovmax/SciLink#712 · 10 commenti · Aperta il 1/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Meta-driven simulations cannot submit to HPC (no connection reaches the simulation specialist or swarm workers)

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 39 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#696 · 1 assegnatario · Aperta il 30/9/2026

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• Closing the observable-convergence loop (follow-up to #447, after #680)

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 40 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#682 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 29/9/2026

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• Support .pptx uploads and reading (meta, knowledge, document readers)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

  ziatdinovmax/SciLink#672 · Aperta il 26/9/2026

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• Claude Code integration: bidirectional MCP bridge for code execution and domain tools

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 46 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#663 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 22/9/2026

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• simulate: route_simulation blocks input generation when engine binary is missing

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 46 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#661 · 1 assegnatario · Aperta il 22/9/2026

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• Deterministic per-grain lattice-symmetry + orientation tool (LLM FFT-spot reading is unreproducible)

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  ziatdinovmax/SciLink#653 · Aperta il 17/9/2026

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• Proxy path drops tool-result images even on vision backends (Claude/Gemini via base_url) — model never sees them

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

  ziatdinovmax/SciLink#648 · Aperta il 15/9/2026

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• Feature request: enable provider-side prompt caching in the LLM client layer to cut API costs

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  ziatdinovmax/SciLink#647 · Aperta il 15/9/2026

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• Generalize the execution-environment probe beyond the image agent (#581 follow-up)

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  ziatdinovmax/SciLink#613 · Aperta il 12/9/2026

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• run_analysis on a 3-D .npy stack file fails after file prep: 'Expected 1D or 2D curve data, got 3D'

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

  ziatdinovmax/SciLink#603 · Aperta il 9/9/2026

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• atomic_stem: generated scripts save map_polarization()['xy'] (cell positions) as the displacement / polarization arrays

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100

  ziatdinovmax/SciLink#602 · Aperta il 9/9/2026

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• Volume-Analysis foundation agent for 3D volumes (tomography, serial sectioning, z-stacks)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 32/100

  ziatdinovmax/SciLink#528 · Aperta il 3/9/2026

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• Orphaned-result adoption + incremental per-item flush (artifact-level salvage for killed pipeline runs)

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  ziatdinovmax/SciLink#523 · Aperta il 31/8/2026

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• Structure-prep steps (H-addition, solvation, ion placement) leave unrelaxed sub-Å clashes

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 77 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#496 · 1 assegnatario · Aperta il 23/8/2026

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• Biomolecular builder can emit a small/capped peptide as one UNL residue instead of named residues

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  ziatdinovmax/SciLink#495 · 1 assegnatario · Aperta il 23/8/2026

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• LAMMPS analyze_structure: replace the nitrogen proxy for 'biomolecular' with a size/topology discriminator

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  ziatdinovmax/SciLink#494 · 1 assegnatario · Aperta il 22/8/2026

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• Derive structure_class from the task description (StructurePlanner) when unset, instead of the scale→class map

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  ziatdinovmax/SciLink#482 · 1 assegnatario · Aperta il 21/8/2026

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• DeployedPotential can't carry per-frame system state (charge/spin/external field) to the ASE runner

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 83 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#463 · 1 assegnatario · Aperta il 16/8/2026

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• Bring the surgical-edit and proven-script machinery to the simulation agents

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 77 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#439 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 8/8/2026

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• Forward-model skills on SimulationAnalysisAgent (EXAFS, STM/STEM image simulation)

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 87 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#407 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 1/8/2026

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• Reuse-validity verdict is conditioned on the current run's fresh plan — judge against the prior run's locked plan instead

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 72/100

  ziatdinovmax/SciLink#344 · Aperta il 10/7/2026

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• Verifier scores rigorous nulls/declines higher than correct deliverables (score anti-correlated with deliverable)

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  ziatdinovmax/SciLink#289 · Aperta il 11/6/2026

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• Model selection uses R² (rewards complexity) — adopt a complexity-penalized criterion (BIC)

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  ziatdinovmax/SciLink#268 · 2 commenti · Aperta il 1/6/2026

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• Codegen contract: migrate standalone script responses from JSON-escaped strings to fenced blocks

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  ziatdinovmax/SciLink#243 · Aperta il 31/5/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Curve-fitting agent: build upon a prior analysis (deepen/refine from report feedback), like image Tier-2

  Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#239 · Aperta il 31/5/2026

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• Hyperspectral: refactor decomposition prep into named explicit primitives

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  ziatdinovmax/SciLink#221 · Aperta il 29/5/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Foundationalize BOAgent into OptimizationAgent (method skills + strong baseline + bounded codegen)

  Forse di nuovo libera @ziatdinovmax l’ha presa 69 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#196 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 23/5/2026

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• Unified concurrency / resources UX (CLI + Streamlit sidebar)

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  ziatdinovmax/SciLink#167 · Aperta il 14/5/2026

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• 504 Gateway Timeout causes cascade of avoidable errors in retry pipeline

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  ziatdinovmax/SciLink#122 · Aperta il 14/3/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Variational Autoencoder Agent

  Forse di nuovo libera @darianSmalley l’ha presa 271 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#84 · 3 commenti · 1 reazione · 1 assegnatario · Aperta il 9/2/2026

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• Cannot find material used for RAG dataset and agents

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  ziatdinovmax/SciLink#59 · Aperta il 9/12/2025

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Drop AtomAI dependency

  Forse di nuovo libera @ziatdinovmax l’ha presa 342 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#56 · 1 assegnatario · Aperta il 1/12/2025

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• Metadata guidelines

  Forse di nuovo libera @sarah-allec l’ha presa 339 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  documentation enhancement

  ziatdinovmax/SciLink#28 · 1 assegnatario · Aperta il 11/8/2025

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• Add under- and over-sampling for NMF to Microscopy agent

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  ziatdinovmax/SciLink#18 · Aperta il 19/6/2025

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• Structure validator lacks memory of previous validation cycles

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  ziatdinovmax/SciLink#17 · Aperta il 19/6/2025

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• Metadata handling

  Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#14 · Aperta il 11/6/2025

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• Searchable index for CIF collections in plan mode

  Forse già presa @sarah-allec l’ha presa oggi. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#804 · 1 assegnatario · Aperta il 7/11/2026

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• sim: no conformer search or ensemble averaging for molecular properties (single conformer only)

  Forse già presa @sarah-allec l’ha presa 18 giorni fa. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#792 · 1 assegnatario · Aperta il 21/10/2026

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• sim: a successful run_complete_workflow returns no answer to the research goal — persist the final assessment and return structured results

  Forse già presa @sarah-allec l’ha presa 18 giorni fa. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#788 · 1 assegnatario · Aperta il 20/10/2026

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• structure: coherent interfaces between mismatched lattices come out incoherent and mis-oriented — generation prompt routes them to lowest-strain ZSL matching on primitive cells; validator is told not to flag interface contacts

  Forse già presa @sarah-allec l’ha presa 18 giorni fa. Aperta

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  ziatdinovmax/SciLink#787 · 1 assegnatario · Aperta il 20/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno