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scalability of geometry encoding

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  • #535 di @dcherian — integrata

Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data, performance

Direzione di ricerca

Start by reproducing the benchmark around xvec.encode_cf with the provided GeoPandas and xarray setup, comparing encoding and decoding times as dataset size grows. Investigate the geometry encoding path and the suggested WKB/GeoParquet alternative; done means documenting or demonstrating a measurable scalability improvement for the full dataset.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I've been playing with encoding larger datasets using the cf-xarray geometry approach. Here's some code

import geopandas as gp
import xvec
import xarray as xr

url = (
    "s3://overturemaps-us-west-2/release/2024-08-20.0/theme=buildings/type=building/"
    "part-00000-2ad9544f-1d68-4a5a-805c-7a5d020d084d-c000.zstd.parquet"
)

# ~ 30s
df = gp.read_parquet(url, columns=['id', 'geometry', 'level'])
# 11447790 rows

# all very fast
ds = xr.Dataset(df).set_coords("geometry").swap_dims({"dim_0": "geometry"}).drop_vars("dim_0")
ds = ds.xvec.set_geom_indexes('geometry', crs=df.crs)

# encode only 100_000 rows
%time ds_enc = ds.isel(geometry=slice(0, 100_000)).xvec.encode_cf()
# -> Wall time: 4.25 s

I confirmed that the scaling is roughly linear. At this rate, it will take > 500 seconds to encode the whole dataset. Decoding is about 20x faster.

I'm wondering if there are some low-hanging fruit that can be found to optimize this.

Alternatively, we could explore storing geometries as WKB, as geoparquet does.

Lingua principale
Python
Stelle
181
Fork
51
Merge medio
6h 39m
PR unite (30g)
1

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