tseemann/snippy

Variant's visualization

Aperta

#297 aperta il 4 lug 2019

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 (2 commenti) (0 reazioni) (1 assegnatario)Perl (123 fork)github user discovery
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Metriche repository

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Descrizione

Hi,

I am using Snippy for studying the variants between two or more isolates. When I check the variants that appear in the vcf file from Snippy in IGV, I do not see those variants in the BAM files. I have realized that the correspondence is better when I compare a greater number of isolates. Could anybody help me?

Thank you very much!!!

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona i file VCF e BAM per verificare l'allineamento e controlla i parametri di chiamata delle varianti di Snippy.
Tech stack
perl
Dominio
cli
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Git
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50