tseemann/nullarbor

including low coverage sequences causes nullarbor to exit prematurely without error message

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#40 aperta il 1 feb 2016

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 (6 commenti) (0 reazioni) (1 assegnatario)Perl (39 fork)github user discovery
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Metriche repository

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Descrizione

Nullarbor seemed to stop during assembly stage using spades - I couldn't see any error message. I found 2 sequences that were low coverage (9x and 17x), and when I re-ran nullarbor in the same folder using an edited Makefile excluding these two sequences, it ran as expected.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona il Makefile e i comandi di assemblaggio di spades per identificare perché le sequenze a bassa copertura causano un'uscita prematura senza messaggio di errore.
Tech stack
perl
Dominio
data
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Git
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
75