tseemann/nullarbor

Query: Mixed sample - separate reads?

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#267 aperta il 3 giu 2020

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Hi,

I'm not sure if this is possible but thought I would ask. I am working with mycobacteria and one of our samples is a mixed sample. I believe Karken can determine if samples are mixed and was wondering does it pick it up when you run Nullarbor? I am currently running a few samples to see. If it does, can you separate the reads? is it possible to separate reads in a mixed sample?

Cheers for any advice/tips!

P

Guida contributor

Direzione di ricerca
Controlla la documentazione e il codice sorgente di Nullarbor per funzionalità relative al rilevamento di campioni misti e alla separazione delle letture. Cerca opzioni della riga di comando come contaminant o mixed e rivedi i passaggi della pipeline che coinvolgono Kraken.
Tech stack
perl
Dominio
bioinformatics
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GitBioinformatics
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