HandyModRTransform.deriv3 is wrong for m > 2

Aperta Adatta ai principianti
  • Qualcosa non va?
#347 0 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

@SajalDevX ci sta già lavorando.

Dal 4/11/2026.

  • #348 di @SajalDevX — aperta

Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
75/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
numpy, python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Il bug si trova in HandyModRTransform.deriv3 in grid/rtransform.py, nel primo termine del numeratore che usa 2 * two_m. Confronta quel termine con la derivata terza simbolica della trasformazione e controlla deriv3_inverse, che ne dipende. Riproduci con lo snippet solve_ode_ivp dell'issue per m = 3 e 4. È completato quando deriv3 coincide con le differenze finite per m = 1-5, la riproduzione restituisce (x + 0.5)**3 e viene aggiunto un test di regressione.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

HandyModRTransform.deriv3 returns the wrong third derivative whenever m >= 3. For m = 1 and m = 2 it is correct, which is the only range the current tests use.

The first term in the numerator is written as 2 * two_m * (m - 2) * (m - 1) * (1 - two_m + size_r) ** 2, but differentiating r(x) three times gives two_m**2 there, not 2 * two_m. The term is multiplied by (m - 1)(m - 2), so the mistake only shows up from m = 3 on.

Because deriv3 feeds deriv3_inverse and the transformed ODE solvers, those are off too. A small example with solve_ode_ivp on y''' = 6, y(-0.5) = y'(-0.5) = y''(-0.5) = 0, whose exact solution is (x + 0.5)**3:

import numpy as np
from grid.ode import solve_ode_ivp
from grid.rtransform import HandyModRTransform

xs = np.array([0.0, 0.25, 0.5])
for m in [2, 3, 4]:
    tf = HandyModRTransform(0.1, 10.0, m)
    sol = solve_ode_ivp((-0.5, 0.5), lambda x: 6 * np.ones_like(x), [0, 0, 0, 1],
                        [0.0, 0.0, 0.0], transform=tf, rtol=1e-10, atol=1e-10)
    print(m, sol(xs)[0], (xs + 0.5) ** 3)

On master:

2 [0.125    0.421875 1.      ] [0.125    0.421875 1.      ]
3 [0.12976934 0.45091849 1.10383533] [0.125    0.421875 1.      ]
4 [0.14209262 0.53001896 1.41016422] [0.125    0.421875 1.      ]

Comparing deriv3 directly against the symbolic third derivative (sympy) of transform for rmin=0.1, rmax=10, the relative error is ~1e-15 for m = 1, 2 and 0.75, 0.87, 0.94 for m = 3, 4, 5.

The fix is a one-line change (2 * two_m to two_m**2) plus a test that checks deriv3 against finite differences for m = 1 to 5. I have a patch ready if that's fine.

Lingua principale
Python
Stelle
102
Fork
43
Merge medio
7g 11h
PR unite (30g)
4

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di theochem/grid

Tutte le issue di theochem/grid

Issue simili

Altre issue su Python

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.