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tacular-omics
11 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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peptacular
Parse ProForma 2.1 peptide sequences and calculate masses, fragments, and isotopic distributions in Python.
Python · 21 stelle
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tdfpy
Python reader for Bruker timsTOF (.d) data: DDA/DIA/PRM, fast centroiding and noise filtering
Python · 8 stelle
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mzmlpy
Fast, lazy mzML reader for Python: typed models, gzip random access, validation, Numpress/zstd decoding
Python · 4 stelle
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spxtacular
Chainable Spectrum API for MS processing: denoising, isotope deconvolution, matching, scoring, plotting
Python · 4 stelle
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tacular
Python lookups for amino acids, elements, and proteomics PTM ontologies (UNIMOD, PSI-MOD, RESID, XLMOD, GNOme)
Python · 1 stella
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uniprotptmpy
Python library, API, and MCP server for the UniProt PTM controlled vocabulary
Python · 1 stella
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psimodpy
Python library, API, and MCP server for the PSI-MOD protein modification ontology
Python · 1 stella
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pefftacular
Python library for reading and writing PEFF (PSI Extended FASTA Format) files. PEFF is a superset of FASTA used in proteomics that carrie...
Python · 1 stella
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paftacular
Parse and serialize HUPO-PSI mzPAF fragment-ion annotations for mass-spectrometry proteomics in Python.
Python · 1 stella
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unimodpy
Python library, API, and MCP server for the UNIMOD mass spectrometry modifications database
Python · 1 stella
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fastatacular
Pure-Python library for reading and writing FASTA sequence files with UniProt-style header parsing.
Python · 0 stelle
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enhancement good first issue
Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 72/100
tacular-omics/mzmlpy#76 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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performance
Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 65/100
tacular-omics/mzmlpy#75 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100
tacular-omics/tdfpy#87 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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good first issue performance
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
tacular-omics/tdfpy#86 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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documentation good first issue
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100
tacular-omics/tdfpy#85 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug good first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 80/100
tacular-omics/tdfpy#84 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement good first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
tacular-omics/unimodpy#85 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100
tacular-omics/unimodpy#84 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug good first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
tacular-omics/unimodpy#83 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement good first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100
tacular-omics/peptacular#90 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement good first issue
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
tacular-omics/peptacular#89 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Speed up coverage by searching strings when neither the protein nor the peptides are modifiedApertaenhancement help wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 57/100
tacular-omics/peptacular#86 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement help wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 56/100
tacular-omics/tdfpy#77 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug help wanted
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
tacular-omics/tdfpy#76 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement help wanted
Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 62/100
tacular-omics/uniprotptmpy#76 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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bug help wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 78/100
tacular-omics/pefftacular#57 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement help wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100
tacular-omics/spxtacular#100 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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good first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
tacular-omics/spxtacular#95 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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help wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100
tacular-omics/spxtacular#93 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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A taxonomic range line with several taxon IDs keeps only the firstForse già presa @draarivpatel-ui l’ha presa 2 giorni fa. Apertabug help wanted
tacular-omics/uniprotptmpy#77 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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from_records refuses its own to_records output for NCBI, Ensembl, UniRef and RCSB headersForse già presa @dianatofficial l’ha presa oggi. Apertabug good first issue
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 75/100
tacular-omics/fastatacular#59 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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write_obo drops the four [Typedef] stanzas, so a parsed OBO file does not round-tripForse già presa @manav4u l’ha presa 3 giorni fa. Apertabug help wanted
tacular-omics/psimodpy#80 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Quotes and backslashes are corrupted or dropped when reading and writing OBO filesForse già presa @draarivpatel-ui l’ha presa 2 giorni fa. Apertabug help wanted
tacular-omics/psimodpy#79 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Add a localization example to the docs galleryForse già presa @laozhej l’ha presa 2 giorni fa. Apertagood first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100
tacular-omics/peptacular#76 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Add docstring examples to the 17 amino-acid property scale functionsForse già presa @laozhej l’ha presa 2 giorni fa. Apertagood first issue
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 90/100
tacular-omics/peptacular#75 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Add a docs page for the tables featureForse già presa @laozhej l’ha presa 2 giorni fa. Apertahelp wanted
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 76/100
tacular-omics/pefftacular#53 · 1 commento · 1 assegnatario ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno