explicitly capturing overdispersion in the offspring distribution
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Read the linked issues #87 and #88 first; this issue says they describe two proposed sources of overdispersion. Then inspect the model entry points for offspring transmission and how simulation runs record infections. Done means the model can produce the proposed overdispersion and report each infected individual's offspring count for comparison with empirical distributions.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Build in model functionality to produce overdispersion in the offspring distribution.
This will arise I think from two distinct sources (documented in separate issues). Variation in individual-level infectiousness (https://github.com/mrc-ide/helios/issues/87) and variation in setting-specific transmissibility/riskiness (https://github.com/mrc-ide/helios/issues/88) - both important and will require some thinking through.
Once they're in, I think we'll need to track the number of people each infected individual infects so that we can reconstruct the offspring distribution at the end of each run and compare to empirical distributions (think there are a few for COVID-19 we could draw on).
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 8
- Fork
- 4
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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