openvax/mhctools

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• Bound GitHub SSH operations during deployment

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  openvax/mhctools#657 · Aperta il 7/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• mhctools/__init__.py lists the 200 public names three times, with nothing checking that the lists agree

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  openvax/mhctools#656 · Aperta il 7/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• plans/ holds 25 unreferenced task specs; the work behind 23 of them is merged or closed

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  openvax/mhctools#655 · Aperta il 7/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• `mhctools predictors --check runnable` has no probe for DeepImmuno, DeepTAP, TLimmuno2 or MixTCRpred, though each module defines one that only tests call

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  openvax/mhctools#654 · Aperta il 7/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Eight predictor wrappers resolve their checkout with their own rules, so `mhctools ls` and the wrapper can pick different installs (#434 fixed only NetCleave and TLimmuno2)

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  openvax/mhctools#653 · Aperta il 7/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Track LiteRT optional dependency metadata incompatible with Python 3.12

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  openvax/mhctools#651 · Aperta il 5/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Resolve four ambiguous MixTCRpred catalog targets without choosing representative alleles

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  openvax/mhctools#649 · Aperta il 5/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Release ownership regression has a brittle 15-second startup deadline

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  openvax/mhctools#647 · Aperta il 5/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Bound legacy Docker container startup to surface a stalled engine

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  openvax/mhctools#646 · Aperta il 4/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• analyses/ holds 276 MB of generated runs; six of the ten are unreferenced

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  openvax/mhctools#632 · Aperta il 3/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Track pandas 3.1 indexing deprecations in the BigMHC integration

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  openvax/mhctools#615 · Aperta il 23/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Investigate intermittent netMHCcons QEMU crash in macOS full suite

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  openvax/mhctools#599 · 2 commenti · Aperta il 19/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Calibrate bond-level cleavage fractions from assay-matched measurements

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  openvax/mhctools#587 · Aperta il 15/10/2026

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• Model lymphatic and draining-node extracellular exposure separately

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  openvax/mhctools#579 · Aperta il 14/10/2026

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• Native MixMHCpred sequence-alignment reference times out during full local suite

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  openvax/mhctools#547 · 4 commenti · Aperta il 9/10/2026

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• Recover released PhageScout classifier preprocessing for faithful new-sequence inference

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  openvax/mhctools#521 · 1 commento · Aperta il 6/10/2026

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• Add distinct human ELANE and PRTN3 extended-recognition evidence and independent inflammatory-protease benchmarks

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  openvax/mhctools#519 · Aperta il 6/10/2026

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• Add human plasma kallikrein KLKB1 recognition evidence separately from tissue KLKs

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  openvax/mhctools#518 · Aperta il 6/10/2026

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• Add assay-scoped human plasmin extended-recognition evidence without treating Lys/Arg as sufficient

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  openvax/mhctools#517 · Aperta il 6/10/2026

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• Add extended human thrombin recognition rules with source-backed cooperative motifs

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  openvax/mhctools#516 · Aperta il 6/10/2026

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• Add pH-scoped human legumain/AEP recognition evidence and observed cleavage sites

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  openvax/mhctools#515 · Aperta il 6/10/2026

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• Add assay-scoped CatL sequence-recognition evidence from PICS/DIPPS and peptide-library measurements

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  openvax/mhctools#514 · Aperta il 6/10/2026

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• Add CleaveNet MMP substrate predictions with native endpoint and assay provenance

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  openvax/mhctools#476 · 1 commento · Aperta il 30/9/2026

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• Add assay-scoped cathepsin and AEP coverage for APC cleavage assessments

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  openvax/mhctools#470 · 2 commenti · Aperta il 29/9/2026

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• Remaining round-3 review nitpicks: test factory dedup, alternate --compartment CLI design

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  openvax/mhctools#337 · Aperta il 14/9/2026

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• Minor: cleavage_models()/get_cleavage_model() do repeated linear work with no caching

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  openvax/mhctools#336 · Aperta il 11/9/2026

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• Curate remaining intracellular peptidases and settle the THOP1 epitope-substrate disagreement

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  openvax/mhctools#334 · Aperta il 10/9/2026

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• Resolve conflicting IRAP resistant-precursor sequence in Georgiadou 2010 before benchmarking

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  openvax/mhctools#332 · Aperta il 10/9/2026

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• Validate organ-exposure comparisons without conflating tissue signal, intact peptide and cell-specific delivery

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  openvax/mhctools#307 · Aperta il 9/9/2026

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• Assess draining-lymph-node exposure and injection-site compartments as distinct vaccine-relevant endpoints

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  openvax/mhctools#306 · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate Wu 2025 descriptor-PBPK nanoparticle biodistribution model with explicit carrier-domain limits

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  openvax/mhctools#305 · Aperta il 9/9/2026

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• Assess the DOTATATE PBPK model as a drug-specific organ-distribution reference, not transferable vaccine weights

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  openvax/mhctools#304 · Aperta il 9/9/2026

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• Validate the distinction between cellular uptake, intracellular localization and productive antigen presentation

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  openvax/mhctools#303 · Aperta il 9/9/2026

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• Curate primary-dendritic-cell uptake evidence and audit applicability of generic CPP predictors

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  openvax/mhctools#302 · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate MLCPP 2.0 as a CPP and uptake-efficiency comparator and establish local inference availability

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  openvax/mhctools#301 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate local PerseuCPP classification and uptake-efficiency models with explicit endpoint and licensing gates

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  openvax/mhctools#300 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate POSEIDON quantitative cellular uptake predictions and resolve missing local model artifacts

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  openvax/mhctools#299 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate Glassman 2024 parent-drug PK regression as a limited comparator for documented peptide conjugates

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  openvax/mhctools#298 · Aperta il 9/9/2026

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• Audit interspecies scaling and limits of transferring peptide PK predictions from animals to humans

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  openvax/mhctools#297 · Aperta il 9/9/2026

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• Separate injection-site absorption and formulation release from systemic peptide elimination

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  openvax/mhctools#296 · Aperta il 9/9/2026

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• Assess peptide protein-binding, metabolic and renal-clearance inputs needed to interpret circulation time

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  openvax/mhctools#295 · Aperta il 9/9/2026

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• Audit pepADMET half-life endpoints, Tan-model overlap and missing local inference artifacts

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  openvax/mhctools#294 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate Nordell 2026 systemic peptide PK models for clearance, distribution volume and plasma half-life

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  openvax/mhctools#293 · Aperta il 9/9/2026

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• Build assay-aware, leakage-audited benchmarks and applicability reports for peptide exposure and uptake models

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  openvax/mhctools#291 · 3 commenti · Aperta il 9/9/2026

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• Roadmap: peptide circulation, cellular uptake and organ-exposure model evaluation

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  openvax/mhctools#288 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate Tan et al. 2024 whole-peptide half-life models and obtain reproducible local inference artifacts

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  openvax/mhctools#285 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate PEPlife2-associated half-life models and serum-specific validation data before integration

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  openvax/mhctools#286 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Evaluate and integrate the Cavaco human-serum half-life model as a reproducible local baseline

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  openvax/mhctools#284 · 2 commenti · Aperta il 9/9/2026

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• Enable a local PepMSND blood-stability classifier once pretrained inference artifacts are available

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  openvax/mhctools#282 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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• Add a local ProsperousPlus protease-cleavage adapter (legacy runtime and licensing gates)

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  openvax/mhctools#281 · 1 commento · Aperta il 9/9/2026

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