nf-core/sarek

joint genotyping optimal strategy

Aperta

#923 aperta il 25 gen 2023

Vedi su GitHubGuida contributor
 (1 commento) (0 reazioni) (0 assegnatari)Nextflow (539 fork)auto 404
help wanted

Metriche repository

Star
 (589 stelle)
Metriche merge PR
 (Metriche PR in attesa)

Descrizione

Working with a large-ish dataset (30TB raw reads), and was wondering what a good strategy would be for working with the joint_germline option to get cohort SNP calls. Would it make more sense to try to genotype all individuals together, or parallelize the joint genotyping runs across smaller groups of samples and then filter and combine with bcftools across jointgermline outputs?

Guida contributor

Direzione di ricerca
Confronta i pro e i contro della genotipizzazione congiunta di tutti i campioni insieme rispetto alla parallelizzazione in gruppi più piccoli, considerando le risorse computazionali e l'accuratezza.
Tech stack
Nessuno
Dominio
backend
Tipo issue
Ricerca
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Nessuno
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
70