nf-core/sarek

Enable Mutect2 force-calling using --alleles flag

Aperta

#1883 aperta il 2 mag 2025

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Descrizione

Description of feature

Would it be possible to expose the --alleles flag for gatk mutect2 force-calling. This would allow the user to provide a reference vcf of variants on which to force call mutations in the sample of interest.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Trova la definizione del processo Mutect2 nella pipeline, aggiungi il parametro alleles al comando e aggiorna eventuali file di configurazione correlati.
Tech stack
Nessuno
Dominio
data
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Nuova
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Nextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
70