nf-core/sarek

No status is 0 - but contains tumor only sample error message

Aperta

#1685 aperta il 11 ott 2024

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bughelp wanted

Metriche repository

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Metriche merge PR
 (Metriche PR in attesa)

Descrizione

Description of the bug

The sample-sheet only contains tumor-samples, but the following tools, which were requested by the option "tools", expect at least one normal-sample : deepvariant, haplotypecaller

while running with a samplesheet with no status and these tools

Command used and terminal output

No response

Relevant files

No response

System information

No response

Guida contributor

Direzione di ricerca
Individua il codice di validazione del foglio del campione e traccia come viene imposto il requisito del campione normale per gli strumenti elencati. Considera di modificare la validazione per consentire solo campioni tumorali quando non sono selezionati strumenti appropriati.
Tech stack
Nessuno
Dominio
data
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Git
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
75