nf-core/deepvariant

Add CRAM support

Aperta

#26 aperta il 20 feb 2020

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 (1 commento) (0 reazioni) (0 assegnatari)Nextflow (26 fork)auto 404
feature-requestgood first issue

Metriche repository

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Metriche merge PR
 (Metriche PR in attesa)

Descrizione

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

Guida contributor

Direzione di ricerca
Investiga come la pipeline attualmente rileva i file BAM e modificala per gestire anche i file CRAM. Nota che il CRAM richiede un genoma di riferimento per la decompressione, quindi controlla come fornirlo nella configurazione della pipeline.
Tech stack
Nessuno
Dominio
backend
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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