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Expand `.splitCsv()` to allow comments in CSV and TSV files

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#6705 aperta il 8 gen 2026

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 (6 commenti) (1 reazione) (0 assegnatari)Groovy (784 fork)batch import
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Metriche repository

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Metriche merge PR
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Descrizione

New feature

Someone opened a feature request on nf-schema to ask to allow comments (#) in CSV and TSV files. I however think this would be an awesome upstream addition to the .splitCsv() method so everyone can benefit from that feature. Comments syntax as explained here makes the most sense I think: https://www.w3schools.io/file/csv-comments/

Use case

Easier debugging in CSV and TSV files by allowing directly commenting out lines in those files. This could also help to add some comments and explanation to those files without breaking them.

Suggested implementation

I think this should not be default behaviour of the function but adding an option like comments:true would be an ideal solution IMO

Thanks!

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esamina il codice sorgente di `.splitCsv()` in Nextflow e implementa un parametro opzionale `comments` che ignori le righe che iniziano con `#` dopo aver analizzato correttamente la sintassi CSV/TSV. Considera casi limite come campi tra virgolette che contengono `#`.
Tech stack
groovy
Dominio
backenddevops
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GroovyNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50