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Cumulative job duration (realtime) in the nextflow execution report

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#6298 aperta il 22 lug 2025

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Descrizione

New feature

The nextflow execution report is a very helpful tool for profiling pipeline performance and resource allocation. The current report describes well the per-process distribution of runtimes, but does not report the cumulative realtime duration by process.

Use case

I have some process which run in reasonable amount of time, but are executed many thousands of times, leading to very large cumulative runtimes. These processes are great candidates for performance optimization, but do not stand out in the current report.

Suggested implementation

I currently derive this from the trace file, but it would be right at home as a cumulative runtime bar plot in a separate tab of the Job Duration section of the execution report.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Inizia esaminando il codice esistente per la generazione del report di esecuzione, probabilmente nei moduli che producono HTML/grafici. Cerca la sezione "Job Duration" e come viene costruito il grafico di distribuzione attuale. Il grafico a barre della durata cumulativa potrebbe essere aggiunto come una nuova scheda seguendo lo stesso schema. Considera di sfruttare l'analisi del file di traccia già presente. Poiché non esistono commenti o PR, il contributore dovrebbe proporre un design nell'issue prima di scrivere codice.
Tech stack
groovy
Dominio
performancedata
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Nuova
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
Familiarity with Nextflow execution reportBasic Groovy/Java knowledge
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50