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AWS Batch Fargate requires exact CPU values?

Chiusa

#5781 aperta il 12 feb 2025

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Descrizione

When running wf-human-variation from ONT on AWSBatch Fargate, I get this error

ERROR ~ Error executing process > 'ingress:minimap2_alignment (1)'

Caused by:
  Requirement of 12 CPUs is not allowed by Fargate -- Check process with name 'ingress:minimap2_alignment (1)'

From what I can tell it's because the requested CPU value does not match one from the list found here:

https://github.com/nextflow-io/nextflow/blob/944f48f9b52d47032bf57e16cfe11fe9410972b2/plugins/nf-amazon/src/main/nextflow/cloud/aws/batch/AwsBatchTaskHandler.groovy#L923-L943

It seems a bit restrictive to require specific CPU values, am I doing something wrong or is that in fact the case?

Guida contributor

Direzione di ricerca
Indaga i valori di CPU consentiti per AWS Batch Fargate e confrontali con l’elenco hardcoded in AwsBatchTaskHandler.groovy. Determina se la convalida dovrebbe essere rilassata o se il messaggio di errore dovrebbe essere migliorato per elencare i valori consentiti.
Tech stack
groovyaws
Dominio
backendclouddevops
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GitAWS Batch concepts
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
55