nextflow-io/nextflow

Add error strategy shortcuts

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#563 aperta il 10 gen 2018

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Descrizione

The errorStrategy 'retry' implicitly terminates the execution when a task exceeds the max number of allowed retries.

There are use cases in which the user wants to ignore of finish the workflow execution. This is possible by using a dynamic error strategy (closure). However it would be useful to provide two new synthetic error strategies to simplifies the above use case, such as:

  • retryThenIgnore: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the task is ignored by applying the ignore error strategy.
  • retryThenFinish: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the execution is stopped by applying the finish error strategy.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Studia l'implementazione esistente delle strategie di errore in Nextflow, in particolare la strategia di retry e come vengono applicati ignore e finish. Quindi implementa due nuove strategie che estendono il comportamento di retry con questi fallback.
Tech stack
groovy
Dominio
backend
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Nextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50