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Add an option to the file method to check for md5sum

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#2491 aperta il 14 dic 2021

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 (9 commenti) (0 reazioni) (1 assegnatario)Groovy (784 fork)batch import
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Metriche repository

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Metriche merge PR
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Descrizione

After discussion on the nf-core slack, we (@ewels, @mahesh-panchal) think that it would be useful to add a native option to the file method to check the integrity of the files that are staged. Using the example shown in the documentation here, an option that might be named checksum should allow providing the hash in a similar manner to the code below:

pdb = file('http://files.rcsb.org/header/5FID.pdb', checksum: 'ba45addcc599af2ac71492f0f55da866')

The idea will be that the hash of the file is calculated either if the file is staged or if it is already present in the cage by a previous execution and that if the hash does not match the provided by the user an exception is raised, similarly to what happens when checkIfExists option is set to true and the file is not found in the system.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Trova l'implementazione della classe File in Nextflow, individua dove avviene lo staging e aggiungi un'opzione di checksum che convalidi l'hash MD5 rispetto al valore fornito. Solleva un'eccezione in caso di mancata corrispondenza.
Tech stack
groovy
Dominio
backenddevopstooling
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GroovyNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50