Bug in modkit v0.6.4："fail" column in "modkit extract calls" output may use MM tag when matching --filter-threshold, G-h and G-m are not recognized as C
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 68/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start by reproducing the documented modkit extract calls command with the reverse-strand row described in the issue. Trace how --filter-threshold C:0.7 compares the canonical and modified primary bases when interpreting MM tags. Done means G-h and G-m calls are recognized as C and rows with call_prob below the C threshold have fail = true.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Command used:
modkit extract calls pure_duplex_mapped.bam duplex_read_mods.tsv.gz
--reference /path/to/GRCm39.primary_assembly.genome.fa
--mapped-only
--filter-threshold C:0.7
--mod-threshold m:0.8
--mod-threshold h:0.9
--bgzf
-t 18
--io-threads 4
--out-threads 4
--log modkit_extract_stats.log
According to the documented threshold logic (see "Threshold examples" in the modkit book, which uses this exact command as its worked example), a call with call_code = - (canonical) and call_prob = 0.36 should be flagged as failed, since 0.36 is below the specified --filter-threshold C:0.7.
However, in my output I'm seeing rows like this where fail = false despite call_prob being well below the threshold:
call_code = -
call_prob = 0.36
canonical_base = G
modified_primary_base = C
fail = false
The key detail is that this row comes from a read aligned to the negative strand. Because the BAM SEQ field is reverse-complemented for reverse-strand alignments, canonical_base (which reflects the literal SEQ-orientation base) shows G, while modified_primary_base (the semantically correct primary base carrying the modification, accounting for the MM tag's strand indicator) correctly shows C.
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
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