Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

Cutoff Threshold Sensitivity in Human Samples

Aperta
  • Qualcosa non va?
#616 5 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
38/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
rust
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Start by reviewing the threshold calculation associated with modkit v0.5.1 and the --filter-threshold and --sample-probs options. Use the attached sample-probability plots and the reported 6mA human brain sample context to determine whether the current guidance needs clarification or a different cutoff-estimation approach. Done means reaching a documented, reproducible recommendation for selecting the threshold.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

question

Hello,

I have been working on 6mA methylation analysis for human brain samples using modkit v0.5.1 and had a few questions regarding the calculated threshold for modification calling. Previously, we noticed that using the calculated threshold for CpG specific 5mC/5hmC modifications in our data resulted in alarmingly low calculated thresholds at ~0.6. In accordance with our background research and focus, we set a --filter-threshold at 0.75 which worked great.

However, there is much less consensus information regarding 6mA modifications in the human genome. So while modkit is generating calculated thresholds at ~0.81, I am still a little skeptical about using this value. I understand the general advice given is that the calculated threshold is a good metric for modkit pileup. However, it seems that a majority of the validation for this calculation was performed on data sets with non-sparse modifications to generate the ~99% accuracy values.

For our exploratory analysis, I am worried that even small shifts in the cutoff threshold might inappropriately impact the retained 6mA calls. I have tried running --sample-probs on some of our samples with the highest (Su602, Su792) and lowest (Su301, Su769) total depth. I have attached these visuals below; is there a better approach to estimating a cutoff threshold from these sample probs instead of just relying on the calculated threshold?

Thanks!

Image Su602 Image Su792 Image Su301 Image Su769
Lingua principale
Rust
Stelle
274
Fork
33
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di nanoporetech/modkit

Tutte le issue di nanoporetech/modkit

Issue simili

Altre issue su Rust

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.