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modkit dmr results- question

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Documentazione
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
rust
Ambito
cli, data

Direzione di ricerca

Start with the modkit dmr pair command and the six referenced pileup BED inputs, comparing the reported percentages with the DMR result for ENSMUST00000174287. The response is complete when it explains how the per-sample values contribute to the differential result and whether one sample can materially influence it.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

troubleshooting

Dear authors,
Thankyou for making ModKit, it is a really nice tool. I have some questions on the interpretation of the results I got from the DMR pair between two conditions after m6A profiling and I would be grateful to you if you could explain to me what it means.

What I did:
  • Dorado basecalling for m6a and pseudouridine, alignment to transcriptome, followed by modkit pileup to get bed methylfiles
  • modkit dmr pair between two conditions with the following command to get results:
    dmr_result=differential_tx_CT20vsPerKO20.bed modkit dmr pair \ -a ${A1} \ -a ${A2} \ -a ${A3} \ -b ${B1} \ -b ${B2} \ -b ${B3} \ --header \ --min-valid-coverage 20 \ -o "$out_dir"/dmr/${dmr_result} \ --base A \ --ref ${ref} \ --base T \ --threads ${threads} \ --log-filepath dmr_2.log
  • Filter based on effect size and balanced p-value.
issue:

One of the positions is different significantly on the transcript, ENSMUST00000174287, showing its percentage going from 80% in A to 38% in B, meaning a decreased modification in condition B.

Image

However, in the input pileup bed files (condition A: KM4,5,6, condition B: KM7,8,9), the percentage values is A are, 80, 20, 20 and in B are 66, 40, 38. Based on just the % values, it seems that there only one sample in A has higher % than in B
Image

Question

I am confused about how the differential marks are calculated and if one sample can cause so much effect. If that is the case, could you please tell me how I can interpret this?
Any input from you would be really helpful, as I might have also misunderstood the results.

Thankyou in advance.
Khushi.

Lingua principale
Rust
Stelle
276
Fork
33
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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