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Using Modkit pileup --modified base C

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Documentazione
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Tranquilla
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

The issue names Modkit's pileup command and the Nmod definition but no files, tests, or entry points. Start by locating the pileup documentation or implementation and trace how filtered calls classified as 5mC are counted; done means documenting a precise explanation of the calculation.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

question

Can someone explain me How Modkit compute Nmod (for 5mC). They do it per reads all they use all reads aligned on same position and count number of read with modified C.

  • Nmod - Number of calls passing filters that were classified as a residue with a specified base modification.
Lingua principale
Rust
Stelle
274
Fork
33
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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