Question Regarding Plasmid Copy Number Calculation
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
La issue non indica file, test o punti di ingresso. Chiarisci innanzitutto se plassembler supporta il calcolo del numero di copie del plasmide a partire da dati Illumina del DNA totale e del plasmide totale, con reads Nanopore disponibili solo per il campione plasmidico; il lavoro è completato quando sono disponibili una risposta documentata sull’idoneità e gli eventuali vincoli di input richiesti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am currently working with a metagenomic sample and I have both total DNA and total plasmid samples sequenced using Illumina. In addition, only the total plasmid sample was also sequenced with Nanopore long reads. I came across your tool, plassembler, which can calculate plasmid copy number, and I wanted to ask if it would be suitable to use plassembler for calculating plasmid copy number in my case.
Specifically, the data I have is as follows:
Total DNA and total plasmid samples sequenced using Illumina
Only the total plasmid sample sequenced with Nanopore long reads
I appreciate your help and insights!
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 91
- Fork
- 11
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di gbouras13/plassembler
-
enhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
gbouras13/plassembler#62 · 10 commenti · 1 reazione ·
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
gbouras13/plassembler#56 · 1 commento ·
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
gbouras13/plassembler#55 · 5 commenti ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100
gbouras13/plassembler#54 · 1 reazione ·
-
bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100
gbouras13/plassembler#53 · 4 commenti ·
Tutte le issue di gbouras13/plassembler
Issue simili
-
[Bug]: IndexHandler.post crashes with HTTP 500 on malformed payloads, missing credentials, or when login is disabledForse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
I maintainer di solito rispondono entro 6 giorni
-
Bump zizmor to 1.31.1+Apertagithub_actions
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100
collective/icalendar#2003 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 79/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
openzim/python-scraperlib#360 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
volcengine/OpenViking#6445 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno