test_extract_datatree_chunk_index fails with eccodes v2.38.0

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data-engineering, testing-qa

Direzione di ricerca

Inizia eseguendo test_extract_datatree_chunk_index con eccodes v2.38.0 e analizza le righe segnalate, in particolare gli indici 42, 46, 49 e 50. Confronta i valori typeOfLevel estratti con l'output di eccodes v2.36.0 e verifica che il test e i successivi passaggi di estrazione abbiano esito positivo in modo coerente nella versione interessata.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

As first noticed in https://github.com/fsspec/kerchunk/pull/506, a test is failing when eccodes v2.38.0 is installed.

Observed in CI:

>       assert (
            idx_df["typeOfLevel"][[42, 46, 49, 50]]
            == ["heightAboveGround", "isobaricInhPa", "surface", "heightAboveGround"]
        ).all()
E       AssertionError: assert False
E        +  where False = <bound method NDFrame._add_numeric_operations.<locals>.all of 42     True\n46     True\n49     True\n50    False\nName: typeOfLevel, dtype: bool>()
E        +    where <bound method NDFrame._add_numeric_operations.<locals>.all of 42     True\n46     True\n49     True\n50    False\nName: typeOfLevel, dtype: bool> = 42    heightA... dtype: object == ['heightAbove...tAboveGround']
E             Full diff:
E             - [
E             -  'heightAboveGround',
E             ? ^^                 --
E             + 42    heightAboveGround
E             ? ^^^^^^
E             -  'isobaricInhPa',...
E
E             ...Full output truncated (8 lines hidden), use '-vv' to show.all

Troubleshooting by @maresb:

idx_df.iloc[83]
varname                                                             wz
typeOfLevel                                              isobaricInhPa
stepType                                                       instant
name                                       Geometric vertical velocity
isobaricInhPa                                                    975.0
step                                                   0 days 06:00:00
time                                               2023-09-28 00:00:00
valid_time                                         2023-09-28 06:00:00
uri                            ~/repos/kerchunk/kerchunk/tests/gfs....
offset                                                        21234675
length                                                         1035696
inline_value                                                      None
surface                                                            NaN
heightAboveGround                                                  NaN
meanSea                                                            NaN
Name: 83, dtype: object

From @Anu-Ra-g with eccodes v2.36.0:

varname                                                           watr
typeOfLevel                                                    surface
stepType                                                         accum
name                                                      Water runoff
isobaricInhPa                                                      NaN
step                                                   0 days 06:00:00
time                                               2023-09-28 00:00:00
valid_time                                         2023-09-28 06:00:00
uri                  ./kerchunk/tests/gfs.t00z.pgrb2.0p25.f006.test...
offset                                                        59215098
length                                                          348767
inline_value                                                      None
surface                                                            0.0
heightAboveGround                                                  NaN
meanSea                                                            NaN
Name: 83, dtype: object

Even though the error is occuring, the remaining steps work fine. image

Lingua principale
Python
Stelle
367
Fork
96
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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