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Record platform of sequencer in database rather than hard-coding as "Illumina"

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
30/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
backend, databases

Direzione di ricerca

Inizia esaminando come sono rappresentati i record dei sequencer e i fogli di preparazione, quindi leggi le issue correlate #266 e #430 prima di proporre la modifica al database. L'attività è completata quando la piattaforma viene memorizzata per ogni sequencer e il foglio di preparazione usa quel valore invece di "Illumina" hard-coded, tenendo conto del lavoro correlato sul conteggio delle lane e sul vocabolario.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

enhancement scope:medium

The platform of the particular sequencer used for a run is output in the prep sheet. Currently, that value is hard-coded as Illumina, but since the lab also uses other kinds of sequencers (Nanopore, PacBio, etc), this is not adequate. This info needs to be recorded per-sequencer somewhere--preferably the database.

Note that this should almost certainly be done at the same time as #266 Move definition of number of lanes per sequencer into database from SequencingProcess and #430 Instrument_model is a standard vocabulary in EBI .

Lingua principale
Python
Stelle
2
Fork
15
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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