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Running commands directly from Snakemake, not via splicekit shell

Aperta
#96 0 commenti 0 reazioni 1 assegnatario Vedi su GitHub

@grexor ci sta già lavorando.

Dal 4/3/2025.

Valutazione

Questa issue non è ancora stata valutata.

Descrizione

There are some parts in the Snakemake pipeline that use splicekit to run scripts (.sh) via splicekit, not directly via Snakemake shell; update these so also containerization is complete

Lingua principale
Python
Stelle
23
Fork
4
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

  • Include un Dockerfile o un file Docker Compose
  • Nessun modello di pull request
  • Nessuna guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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