YuLab-SMU/ggtree

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:christmas_tree:Visualization and annotation of phylogenetic trees

YuLab-SMU/ggtree è adatto ai principianti?

Abbiamo visto troppo poche pull request recenti di contributori esterni su YuLab-SMU/ggtree per dire quanto spesso vengono accettate. Al momento non è aperta nessuna issue adatta ai principianti; l'elenco qui sotto mostra le altre issue che abbiamo per questo repository.

Stelle: 935
Fork: 183
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 174

Lingua principale: R
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 14/9/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Come contribuire a YuLab-SMU/ggtree

Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
Segui il repository per sapere quando si apre una nuova issue adatta ai principianti, oppure guarda le altre issue qui sotto.

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

Are you moving away from supporting plotly integration?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#712 · Aperta il 28/9/2026
geom_cladelab shows up in all panels when using geom_facet
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

YuLab-SMU/ggtree#711 · Aperta il 21/8/2026
Error: object ‘is_ggplot’ is not exported by 'namespace:ggplot2' Execution halted
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/ggtree#704 · 1 commento · Aperta il 7/3/2026
issue in posterior probability mapping
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#702 · 1 commento · Aperta il 31/1/2026
Can you fix the layout_dendrogram() issue, the scale is reversed
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

YuLab-SMU/ggtree#689 · Aperta il 5/12/2025
how to adjust position of geom_tippoint on a tree with equal_angle layout?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#687 · 2 commenti · Aperta il 3/12/2025
facet_widths not setting facet widths
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

YuLab-SMU/ggtree#685 · 1 reazione · Aperta il 28/11/2025
geom_strip breaks with aes(linetype)
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#676 · 3 commenti · Aperta il 29/10/2025
Issue with Rooting S4 Object Using ggtree/treeio Packages
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/ggtree#659 · Aperta il 10/7/2025
xlim for tree + boxplot => error
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

YuLab-SMU/ggtree#658 · 2 commenti · Aperta il 3/7/2025
groupOTU or groupClade
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#654 · Aperta il 16/6/2025
ggtree conflict between viewClade,scale_y_reverse, rotate
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#652 · Aperta il 6/5/2025
README missing installation instructions
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 55/100

YuLab-SMU/ggtree#650 · 2 reazioni · Aperta il 21/4/2025
For some trees, the geome_tiplab angle in "fan" layout may be a little wrong
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#649 · Aperta il 16/4/2025
geom_rootedge does not allow for no branch lengths if input tree is treedata
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#648 · Aperta il 9/4/2025
geom_tiplab angle off when collapsing clades in circular layout
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#647 · Aperta il 12/3/2025
Rerooting create polytomy at root where none exists.
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#644 · Aperta il 2/3/2025
Specifying tree height and width
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#643 · 2 commenti · Aperta il 1/2/2025
Feature request: extend short branches with dotted lines to make topology visible
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#640 · Aperta il 26/11/2024
Is it possible to use ggtree to add a columnar stacked bar chart beneath a circular phylogenetic tree?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#639 · 1 commento · Aperta il 6/11/2024
`geom_tiplab2()` is broken with custom `coord_polar()` settings
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

YuLab-SMU/ggtree#638 · 4 commenti · Aperta il 24/10/2024
Independent adjustment of picture and line transparency when using PhyloPic/Images and align=true parameter
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#633 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 11/10/2024
Is it possible to add spaces or separation between the squares using gheatmap?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#632 · Aperta il 25/9/2024
How to move x axis in heatmap by geom_fruit to top?
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#630 · 1 commento · Aperta il 13/9/2024
"gradient" in geom_hilight does not work properly with coord_flip() or layout_dendrogram()
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#628 · Aperta il 12/9/2024
Failed convertion ggtree into plotly
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/ggtree#627 · 1 commento · Aperta il 28/8/2024
Interactivity with ggiraph
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#623 · 1 reazione · Aperta il 23/7/2024
geom_hilight
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

YuLab-SMU/ggtree#621 · 4 commenti · Aperta il 9/7/2024
Can not find function getsubtree
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#620 · 2 commenti · Aperta il 5/7/2024
No "read.r8s"
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#619 · 2 commenti · Aperta il 20/6/2024
Sorting Problem of Evolutionary Leaf Node Labels//咨询进化树叶节点的排序问题
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#617 · 3 commenti · Aperta il 29/5/2024
geom_taxalink error "as_string() Can't convert `NULL` to a string."
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#615 · 3 commenti · Aperta il 24/5/2024
chunky resolution of circular tree segments
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#614 · Aperta il 23/5/2024
theme_tree2 scale bar width
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#613 · Aperta il 17/4/2024
无法正常绘制layout = "equal-angle"的tree
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#612 · Aperta il 8/4/2024
Same name on one tree (2 copies), add links to another tree problem
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#610 · Aperta il 1/4/2024
Problems with Collapse function
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#609 · 1 reazione · Aperta il 21/3/2024
Basic functionality missing from ggtree
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#608 · 1 reazione · Aperta il 19/3/2024
geom_highlight compresses the tree slightly
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#607 · 1 commento · Aperta il 7/3/2024
geom_hilight rectangle unreasonably long
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#605 · Aperta il 26/2/2024
facet_plot will not plot correctly align to branch in ggtree
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/ggtree#604 · Aperta il 22/2/2024
geom_cladelab doesn't facet
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#603 · Aperta il 12/2/2024
Tree tips not colored according to specified colors
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#602 · 2 commenti · Aperta il 7/2/2024
rect_to_poly issue
Forse di nuovo libera @xiangpin l’ha presa 969 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
- Qualcosa non va?
bug

YuLab-SMU/ggtree#601 · 10 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 5/2/2024
Unwanted white lines between tiles in gheatmap layout circular/fan
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#600 · Aperta il 26/1/2024
Error with geom_inset of nodepies onto circular/radial/fan trees
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

YuLab-SMU/ggtree#599 · 2 commenti · Aperta il 25/1/2024
Issue with linear tree with only one parent and one
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

YuLab-SMU/ggtree#597 · Aperta il 18/1/2024
Request to add roundrect.r option to layout.params
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#596 · 1 commento · Aperta il 21/12/2023
ggtree not able to produce emojis in color
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/ggtree#595 · Aperta il 20/11/2023
Collapsing clade in circular layout gives curved min/max/mixed triangles
Aperta
- Qualcosa non va?
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/ggtree#593 · Aperta il 5/10/2023

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