Regression test model comparison tool attributes wrong reaction family?

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
backend, testing-qa

Direzione di ricerca

Esegui il test di regressione liquid_oxidation e ispeziona i relativi log completi, gli artefatti del diff e il file chemkin annotato. Segui il confronto tra le reazioni e l’annotazione mostrati per CCOO e determina dove viene assegnata o interpretata l’origine di intra_H_migration. L’attività è completata quando il diff del modello non attribuisce più la reazione bimolecolare a quella famiglia unimolecolare.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug
Bug Description

The regression test is reporting for liquid_oxidation-core.log

Test model has 37 species.
Original model has 37 species.
Test model has 216 reactions.
Original model has 215 reactions.
The tested model has 1 reactions that the original model does not have.
rxn: CCO[O](29) <=> [OH](22) + CC=O(69)		origin: intra_H_migration

similarly for liquid_oidation-edge.log

The original model has 1 reactions that the tested model does not have.
rxn: CCO[O](29) <=> C[CH]OO(73)		origin: intra_H_migration
The tested model has 1 reactions that the original model does not have.
rxn: CCO[O](29) <=> [OH](22) + CC=O(69)		origin: intra_H_migration

The family intra_H_migration is meant to be intra-molecular Hydrogen migration, meaning a hydrogen atom migrates within a molecule. It should be a unimolecular reaction. The image is
intra_H_migration

The reaction above has two products:

CCO[O](29) <=> [OH](22) + CC=O(69)

Clearly it shouldn't come from intra_H_migration, like it claims.

Perhaps it comes from a pressure dependent network, one reaction of which is intra_H_migration?

So maybe the bug is just in the comparer tool used by the regression testing misinterpreting the comments on the reaction? Or perhaps the comments are being written incorrectly?

Anyway, there's a bug somewhere.

How To Reproduce

Run the liquid_oxidation regression test.
Could also inspect the logs in the artifacts of any recent test run, eg. full results (31mb) or just the diff (15kb).

I suggest looking at the annotated chemkin file from the full logs to see what comment is being put on that reaction.

Expected Behavior

The results of the model diff wouldn't be confusingly attributing a bimolecular reaction to origin: intra_H_migration.

Lingua principale
Python
Stelle
541
Fork
265
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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