Not recognising family since 3.12 update

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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
52/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Tranquilla
Stack tecnologico
python
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo la creazione di ARCReaction con lo YAML, le specie, i dati XYZ e la reazione forniti, quindi confronta il riconoscimento della famiglia tra ARC 3.7 e 3.12. La correzione è completa quando questa reazione viene riconosciuta come una famiglia H Abstraction mentre le specie includono i loro XYZs.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Type: Bug

Describe the bug
The reaction [O]C(=C=O)C=O + C1CO1 <=> O=C=C(O)C=O + [CH]1CO1 was originally identified as an H Abstraction reaction in ARC 3.7

However, since moving to 3.12 and disconnecting from RMG - it is now not recognised with any family if one includes the XYZs in the species when creating an ARCReaction.

allow_nonisomorphic_2d: true
compute_thermo: false
job_types:
  fine: true
  freq: true
  irc: false
  opt: true
  rotors: true
  sp: true
opt_level:
  method: wb97xd
  basis: def2tzvp
freq_level:
  method: wb97xd
  basis: def2tzvp
scan_level:
  method: wb97xd
  basis: def2tzvp
sp_level:
  method: DLPNO-CCSD(T)-F12
  basis: cc-pVTZ-F12
  auxiliary_basis: aug-cc-pVTZ/C cc-pVTZ-F12-CABS
project: rxn_10218
reactions:
- label: _O_C(=C=O)C=O + C1CO1 <=> O=C=C(O)C=O + _CH_1CO1
skip_nmd: true
species:
- label: _O_C(=C=O)C=O
  smiles: '[O]C(=C=O)C=O'
- label: C1CO1
  smiles: C1CO1
- label: O=C=C(O)C=O
  smiles: O=C=C(O)C=O
- label: _CH_1CO1
  smiles: '[CH]1CO1'

R1H
C1CO1
C       0.09620000   -0.66860000    0.44160000
C       0.03240000   -0.04470000   -0.86630000
O      -0.15040000    0.67160000    0.38390000
H       1.11070000   -0.85450000    0.78800000
H      -0.62170000   -1.32840000    0.92420000
H       0.96080000    0.17890000   -1.37800000
H      -0.87000000   -0.11020000   -1.46390000

R2H
O=C[C-](O)C#[O+]
O      -0.43500000   -1.52130000   -0.12000000
C      -0.04380000   -0.25230000    0.01860000
C      -0.02540000    0.28510000    1.25510000
O       0.02630000    0.73050000    2.30950000
C       0.33380000    0.62050000   -1.08760000
O       0.26190000    0.29560000   -2.24710000
H       0.69020000    1.62670000   -0.78840000
H      -1.33680000   -1.54280000   -0.44860000

R2
O=[C]C(=O)C=O
O       0.29570000    1.77440000   -0.26520000
C       0.17750000    0.55090000   -0.06550000
C       1.31330000   -0.20160000    0.29380000
O       2.28190000   -0.72480000    0.57870000
C      -1.05990000   -0.26830000   -0.15870000
O      -1.05780000   -1.45280000    0.05740000
H      -1.96320000    0.30070000   -0.43910000

R1
[CH]1CO1
C       0.82440000   -0.23630000   -0.27650000
C      -0.57340000    0.04920000   -0.06040000
O       0.26950000   -0.66510000    0.88320000
H       1.70870000    0.39350000   -0.29280000
H      -0.90430000    1.02050000    0.29510000
H      -1.32490000   -0.56180000   -0.54860000
Lingua principale
Python
Stelle
52
Fork
25
Merge medio
2g 3h
PR unite (30g)
1

Preparare l'ambiente

  • Include un Dockerfile o un file Docker Compose
  • Nessun modello di pull request
  • Nessuna guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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