Data Sources visit drilldown returns an empty visitDurationByType for Achilles 1.7+ results (query still reads analysis 211)
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 77/100
Direzione di ricerca
Leggi src/main/resources/resources/cdmresults/sql/report/visit/drilldown/visitDurationByType.sql e src/main/resources/resources/cdmresults/sql/report/visit/drilldownsummary/visitDurationByType.sql; entrambi filtrano la distribuzione della durata del ricovero usando analysis 211, mentre l’issue dice che Achilles 1.7+ la memorizza sotto analysis 213. Controlla i test o i fixture correlati alle query, poi verifica che entrambi gli endpoint visit restituiscano i campi della distribuzione per uno schema dei risultati di Achilles 1.7+.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Expected behavior
GET /cdmresults/{sourceKey}/visit/{conceptId} (and the drilldown summary GET /cdmresults/{sourceKey}/visit) return the length of stay distribution for the visit concept in visitDurationByType, with minValue, p10Value, p25Value, medianValue, p75Value, p90Value and maxValue.
Actual behavior
visitDurationByType is always an empty array when the results schema was produced by Achilles 1.7.0 or later, even though achilles_results_dist contains the length of stay distribution. The Achilles cache warm-up (AchillesCacheTasklet includes visitDurationByType in the visit domain) caches the empty result.
Cause: Achilles 1.7.0 renumbered "Distribution of length of stay by visit_concept_id" from analysis 211 to analysis 213 (inst/csv/achilles/achilles_analysis_details.csv; in 1.6.3 the line is 211,1,0,,Distribution of length of stay by visit_concept_id,visit_concept_id, in 1.7.0 it is 213,1,,Distribution of length of stay by visit_concept_id,visit_concept_id and 211 became Number of visit records with end date < start date, a count written to achilles_results). Both
src/main/resources/resources/cdmresults/sql/report/visit/drilldown/visitDurationByType.sqlsrc/main/resources/resources/cdmresults/sql/report/visit/drilldownsummary/visitDurationByType.sql
still filter achilles_results_dist on analysis_id = 211, which no longer has any rows in that table.
Steps to reproduce behavior
- Run Achilles 1.7.x on a CDM that has visit_occurrence records (for example Eunomia) and point a WebAPI source's results daimon at the results schema.
- Check that the distribution exists:
SELECT analysis_id, stratum_1, median_value FROM <results>.achilles_results_dist WHERE analysis_id IN (211, 213);returns rows for 213 only. - Call
GET /WebAPI/cdmresults/<sourceKey>/visit/9201(Inpatient Visit, or any visit concept present in step 2). visitDurationByTypeis[];ageAtFirstOccurrence,prevalenceByMonthandprevalenceByGenderAgeYearare populated.
Environment: WebAPI master (3.0.1-SNAPSHOT) and 2.15.x; Achilles 1.7.0 through 1.7.2; reproduced with the embedded PostgreSQL test database, the query is dialect-independent.
- Lingua principale
- Java
- Stelle
- 153
- Fork
- 186
- Merge medio
- 2g 14h
- PR unite (30g)
- 18
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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