Issues while building (pio_nc.c)
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- c, cmake
- Ambito
- build-system
Direzione di ricerca
Start with src/clib/pio_nc.c at PIOc_def_var_fill and PIOc_inq_var_fill, then inspect the configured include paths and the CMake build output for v2.6.2. Reproduce the compilation failure and determine why _FillValue is unavailable in this configuration; done means the project builds successfully with the reported compiler and dependency setup.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hello,
I'm trying to compile v2.6.2 but building generates the error:
/home/ubuntu/pio2/src/clib/pio_nc.c: In function ‘PIOc_def_var_fill’:
/home/ubuntu/pio2/src/clib/pio_nc.c:2433:56: error: ‘_FillValue’ undeclared (first use in this function); did you mean ‘NC_FillValue’?
2433 | ierr = nc_put_att(file->fh, varid, _FillValue, xtype, 1, fill_valuep);
| ^~~~~~~~~~
| NC_FillValue
/home/ubuntu/pio2/src/clib/pio_nc.c:2433:56: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in
/home/ubuntu/pio2/src/clib/pio_nc.c: In function ‘PIOc_inq_var_fill’:
/home/ubuntu/pio2/src/clib/pio_nc.c:2577:52: error: ‘_FillValue’ undeclared (first use in this function); did you mean ‘NC_FillValue’?
2577 | ierr = nc_get_att(file->fh, varid, _FillValue, fill_valuep);
| ^~~~~~~~~~
| NC_FillValue
make[2]: *** [src/clib/CMakeFiles/pioc.dir/build.make:216: src/clib/CMakeFiles/pioc.dir/pio_nc.c.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:1259: src/clib/CMakeFiles/pioc.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:146: all] Error 2
I saw https://github.com/NCAR/ParallelIO/pull/1994 and though that maybe using the branch version might fix the issue, but the error still appears. My only potential explanation (or fix) would be the netCDF version, but I would definitely prefer to not have more than one netCDFs in the system.
Thanks.
P.S.
CC=mpicc FC=mpif90 cmake -DPIO_ENABLE_TIMING=OFF -DNetCDF_C_PATH=/opt/atrium/netcdf -DNetCDF_Fortran_PATH=/opt/atrium/netcdf -DPnetCDF_PATH=/opt/atrium/netcdf /home/ubuntu/pio2
-- # PIO Configuration Summary
==============================
# General
-------
PIO Version: 2.6.2
Configured On: Mon Feb 10 15:02:41 UTC 2025
Host System: aarch64-Linux-6.8.0-1021-aws
Build Directory: /home/ubuntu/pio2
Install Prefix: /usr/local
# Compiling Options
-----------------
C Compiler: GNU 11.4.0
CFLAGS: -std=gnu99
CPPFLAGS: -DLINUX -DCPRGNU -I/home/ubuntu/pio2 -I/home/ubuntu/pio2/src/clib -I/home/ubuntu/pio2/src/clib -I/home/ubuntu/pio2/src/clib -I/home/ubuntu/pio2/src/clib/../ncint -I/opt/atrium/netcdf/include -I/opt/atrium/netcdf/include
LDFLAGS:
Shared Library: no
Static Library: yes
Extra libraries:
Fortran Compiler: GNU 11.4.0
FFLAGS: -fallow-argument-mismatch
FCFLAGS:
More Fortran Flags: -DLINUX -DCPRGNU -I/home/ubuntu/pio2 -I/home/ubuntu/pio2/src/flib -I/home/ubuntu/pio2/src/flib -I/opt/atrium/netcdf/include -I/opt/atrium/netcdf/include
# Features
--------
PnetCDF Support: yes
SZIP Write Support: no
Parallel Filters: yes
NetCDF/HDF5 Support: no
NetCDF/HDF5 Par I/O: yes
NetCDF Integration: no
PIO Logging: no
MPIEXEC: mpiexec
Fortran: yes
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/ubuntu/pio2
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 160
- Fork
- 60
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Guida per i contributori
Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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