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Unable to save data file to output filepath that contains a % character

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
28/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
cpp
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo il caso segnalato con l’esempio Python, quindi esamina src/metaImage.cxx attorno al codice collegato per la gestione dei percorsi. Traccia come viene interpretato % per l’output di una slice per file e determina la copertura dei test esistente, se presente. Il lavoro è completato quando il comportamento richiesto per il percorso del file è implementato oppure la limitazione è documentata, e il file di dati del volume è stato salvato come previsto.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

As originally posted about in https://discourse.slicer.org/t/failures-saving-a-volume-to-path-with-sign/25657 and more specifically in
https://discourse.slicer.org/t/failures-saving-a-volume-to-path-with-sign/25657/6 thanks to @lassoan:

MetaIO supports One-Slice-Per-File Data Formats 1 and it uses the % character to specify the slice number in the filename format string.

Due to the special meaning of the % character, currently MetaIO does not allow using this chracter in the path. This limitation should either be clearly documented or the implementation should be made more sophisticated (to somehow differentiate the % that refers to per-slice filename generation from simple % occurrences in the path; or by allowing completely disabling this extremely rarely used one-slice-per-file feature).

As such, % used in the basename could possibly still be treated with the special meaning for the filename format string for One-Slice-Per-File functionality however, % used elsewhere in the filepath should be supported. Last resort would be to document this limitation.

The below code uses 3D Slicer to show that the mhd file is written for a volume output filepath that contains a "%", but the corresponding data file (.zraw) is not written.

import os
import SampleData

volume_node = SampleData.SampleDataLogic().downloadMRHead()

output_filepath = os.path.join(os.getenv("USERPROFILE"), "Downloads", "2%concentration", "MyVolume.mhd")
slicer.util.saveNode(volume_node, output_filepath)
print(f"{output_filepath} exists?: {os.path.exists(output_filepath)}")
raw_filepath = os.path.splitext(output_filepath)[0] + '.zraw'  # default Slicer saves it compressed hence zraw and not raw
print(f"{raw_filepath} exists?: {os.path.exists(raw_filepath)}")
Lingua principale
C
Stelle
32
Fork
26
Merge medio
2h 40m
PR unite (30g)
4

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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