`clique_percolation` takes enormous memory and never finishes on a large graph
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Partite dal punto di ingresso clique_percolation e riproducete clique_percolation(g, k=3) con i dati network.local.jld2 allegati. Il payload non indica file sorgente né test, quindi misurate prima l’uso della memoria e il tempo di esecuzione per questo caso; il lavoro è completato quando il calcolo termina senza esaurire la memoria entro l’intervallo previsto, da pochi minuti a qualche ora.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Description of bug
Hello, I was using the clique_percolation function to detect communities. It works for some of my networks, but for some other a bit more complicated ones, e.g. with 25376 connections between 2646 nodes, I found that the computation is using enormous amount of memory and simply won't finish. May I ask if this could possibly be a bug? Thank you for helping.
How to reproduce
Here I upload a network of mine in .jld2 format. You can simply unzip and read it in as
netw=load_object("network.local.jld2")
and transform it to graph using g=graph(netw). The computation I attempted is clique_percolation(g, k=3)
Expected behavior
Output results within a few hours or even minutes.
Actual behavior
Taking large memory (100+G) and never finishing.
Code demonstrating bug
netw=load_object("network.local.jld2")
g=graph(netw)
clique_percolation(g, k=3)
Additional context
Attachment:
network.local.jld2.gz
- Lingua principale
- Julia
- Stelle
- 540
- Fork
- 131
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
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- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
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