Finetuning on a custom dataset with the Huggingface MoLFormer model?
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- huggingface
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Nell’issue non sono indicati file, test o punti di ingresso. Inizia individuando il workflow di addestramento di MoLFormer e Hugging Face del repository, quindi determina cosa è necessario per eseguire il fine-tuning su un dataset SMILES personalizzato; il lavoro si considera completato quando viene fornito un workflow verificato oppure viene documentato il motivo per cui il percorso di fine-tuning richiesto non è supportato.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi! I have been trying to use MoLFormer model from Huggingface for cancer drug response prediction model, but it seemingly struggles in comparison with MegaMolBART and ChemBERTa. Is there a way to finetune the huggingface model on a custom SMILES dataset? I was thinking that relevant molecules (oncology drugs and related scaffolds) might have been underrepresented in the MoLFormer training data, causing underperformance. Could you, please, help me to figure out the workflow for finetuning the Huggingface MoLFormer instance on a custom SMILES dataset?
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 422
- Fork
- 61
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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