EPFL-TOP/smart-microscope-control

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• feat(camera): the Prime 95B's post-processing as NIS-Elements offers it — despeckle and denoise

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#134 · Aperta il 15/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(cli): smc snap says nothing when the camera does not apply the exposure it was asked for

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#125 · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(roles): LightPath is a light-source candidate on the Ti2-E; pin the stand's measured device list

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  area: core priority: p2 scope: nikon-ti2 type: bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#124 · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• chore(hardware): leftovers of #118 — fault translation and profile loader

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#121 · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• design(hardware): §7 says PATH stays bounded; true for one odd directory only (follow-up of #110)

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  Difficoltà 4/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 15/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#119 · 3 commenti · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• chore(hardware): quote path entries in profile error messages (TOML escapes)

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  Difficoltà 4/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#112 · Aperta il 9/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(hardware): is_dir()/is_file() can raise OSError in profile load and open_core on Windows

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 62/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#111 · Aperta il 9/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(core): a TOML boolean loads as 1.0 µm for the [safety] jog limits

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#106 · Aperta il 7/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• test(executor): test_give_up_does_not_cancel_another_threads_queued_move depends on the log handler's speed

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 68/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#101 · 1 commento · Aperta il 7/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• test(fake): FakeCore agrees with the demo on binning, exposure clamp, auto-shutter snap and State errors

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 49/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#99 · 1 commento · Aperta il 1/10/2026

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• test(contracts): which Z direction is away from the sample, per stand

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#98 · 1 commento · Aperta il 1/10/2026

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• design(hardware): what a Ctrl-C handler may do inside a re-entered registry section (FM-71)

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#95 · Aperta il 1/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(cli): output left over from #89 — doctor tables, the describe() format, multi-line errors

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#94 · 2 commenti · Aperta il 1/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(hardware): close() under concurrency — command-phase moves, use after close, double close

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#79 · Aperta il 30/9/2026

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• fix(hardware): a dry-run open still applies the configuration's System/Startup preset

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#78 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(hardware): motion-guard leftovers from the review of #72

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#75 · 2 commenti · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Point: next steps

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#51 · 17 commenti · Aperta il 23/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat(discovery): a probe that tells the truth — hub peripherals, pre-init ports, empty listings

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#48 · 1 commento · Aperta il 23/9/2026

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• feat(plugins): laser ablation patterns (port of viventis_control) — once LS1 components are reachable

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  area: plugins priority: p2 scope: viventis-ls1 status: blocked type: feature

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#36 · Aperta il 22/9/2026

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• spike(ui): the same minimal shell in Panel and in NiceGUI on the demo devices — decide the framework

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  Difficoltà 5/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#35 · Aperta il 22/9/2026

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• docs: documentation site (mkdocs-material) from docs/

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  area: docs good first issue priority: p2 type: docs

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 56/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#33 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): closed-loop tracking plugin over the acquisition loop (port of the tracking runner)

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  area: plugins priority: p2 type: feature

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#32 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(io): acquisition output — OME-Zarr writer and OME companion for TIFF runs

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  area: plugins priority: p2 type: feature

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#31 · Aperta il 22/9/2026

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• spike(viventis): inventory the LS1 components and their Micro-Manager coverage (both stands)

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  area: backend priority: p1 scope: viventis-ls1 status: needs-hardware type: spike

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#29 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(ui): web UI skeleton per ADR-0006 — connect, drive, snap/live, run a plugin

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#28 · Aperta il 22/9/2026

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• hw: Zeiss Axio Observer 7 — first hardware session with the new layer

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  priority: p1 scope: zeiss-observer7 status: needs-hardware type: hardware-session

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#27 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(zeiss): Definite Focus 2 as a device and Autofocus implementation

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#26 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(zeiss): MTB session owner and unicore Python devices (stage, focus, piezo, changers, TL shutter, Colibri)

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  area: backend priority: p0 scope: zeiss-observer7 status: blocked type: feature

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#25 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): throughput timing — measure this microscope (port of timing.py)

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#24 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): object detection in wells — interface first, classical baseline second

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#23 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): camera↔stage calibration by phase correlation (port of camera_cal.py)

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  EPFL-TOP/smart-microscope-control#22 · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat(plugins): well selection and field grid (port of wells.py + scan.py)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#21 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): automatic plate finding by lattice fit (port of plate_find.py)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 42/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#20 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): plate registration — reference wells and wall touches (port of plate.py)

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#19 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(plugins): plugin API — Plugin protocol, entry-point registry, Params/Result, run document, smc run

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  area: plugins priority: p0 type: feature

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#18 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(nikon): Ti-E profile and first hardware session

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#17 · Aperta il 22/9/2026

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• feat(cli): build a Micro-Manager configuration from the devices that answer (smc config build)

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  area: cli priority: p1 scope: nikon-ti2 scope: nikon-tie type: feature

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#15 · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat(core): ObjectiveTurret, LightSource and Channels capabilities

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  area: core priority: p1 type: feature

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#14 · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat(nikon): port stand knowledge — adapters, driver DLL checks, exclusions, diagnostics

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  area: backend priority: p0 scope: nikon-ti2 scope: nikon-tie type: feature

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#12 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026

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• adr: decide the route to hardware without a Micro-Manager adapter (ADR-0007)

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  area: backend priority: p0 scope: viventis-ls1 scope: zeiss-observer7 status: needs-decision type: adr

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#4 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• adr: decide the user interface (ADR-0006)

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  area: ui priority: p0 status: needs-decision type: adr

  Difficoltà 5/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#3 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• chore: protect main and configure repository settings

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  area: ci priority: p2 type: chore

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#2 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• fix(hardware): open_core leaves a half-loaded core when loadSystemConfiguration fails

  Forse già presa @jay23606 l’ha presa oggi. Aperta

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  area: core priority: p2 type: bug

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#132 · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• hw: Nikon Ti2 — first hardware session with the new layer

  Forse già presa @clementhelsens l’ha presa 2 giorni fa. Aperta

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  priority: p0 scope: nikon-ti2 status: needs-hardware type: hardware-session

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#16 · 8 commenti · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• feat(core): Autofocus capability with PFS / Definite Focus semantics

  Forse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta

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  area: core priority: p0 scope: nikon-ti2 scope: zeiss-observer7 type: feature

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

  EPFL-TOP/smart-microscope-control#13 · 1 commento · Aperta il 22/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno