Double asterisks in path used by PMP was not supported by xarray
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data-engineering
Direzione di ricerca
Riproduci il fallimento con il percorso di esempio e parti da calculate_climatology.py, quindi segui xcdat_openxml.py fino a xcdat/dataset.py e xr.open_mfdataset. Verifica come infile viene passato attraverso il percorso di apertura. Il lavoro è completato quando il pattern con doppio asterisco ** si espande nei file corrispondenti e l’esecuzione della climatologia non genera più “OSError: no files to open”.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
PMP used double asterisks in its file paths to expand directories and files, for example, the infile: /global/cfs/projectdirs/m4931/gsharing/css03_data/CMIP6/CMIP/INM/INM-CM5-0/amip/r1i1p1f1/**/ta_*12.nc was used, then xr.open_mfdataset was used to open it. It seemed that xarray does not support it. The glob expansion is needed before the file was opened by xarray.
start and end are 1981-01 2005-12 │
│ variable list: ['ta'] │
│ ver: v20260319 │
│ var: ta │
│ infile: /global/cfs/projectdirs/m4931/gsharing/css03_data/CMIP6/CMIP/INM/INM-CM5-0/amip/r1i1p1f1/**/ta_*12.nc │
│ outfile: │
│ /pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/scratch/pmp/annual-cycle/09e02b3b305852e52faac1746181d4d39d223e8c/ta_IN │
│ M-CM5-0_amip_r1i1p1f1_clims.nc │
│ outfilename: None │
│ outpath: None │
│ ver: v20260319 │
│ infilename: ta_*12.nc │
│ Traceback (most recent call last): │
│ File │
│ "/pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/software/conda/pmp-a0cd98ec96f7c858f788439a4f0b4951fe2d7a55/bin/pcmdi_ │
│ compute_climatologies.py", line 91, in <module> │
│ calculate_climatology( │
│ File │
│ "/pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/software/conda/pmp-a0cd98ec96f7c858f788439a4f0b4951fe2d7a55/lib/python │
│ 3.10/site-packages/pcmdi_metrics/mean_climate/lib/calculate_climatology.py", line 33, in calculate_climatology │
│ d = xcdat_open(infile, data_var=var) │
│ File │
│ "/pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/software/conda/pmp-a0cd98ec96f7c858f788439a4f0b4951fe2d7a55/lib/python │
│ 3.10/site-packages/pcmdi_metrics/io/xcdat_openxml.py", line 56, in xcdat_open │
│ ds = xc.open_mfdataset( │
│ File │
│ "/pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/software/conda/pmp-a0cd98ec96f7c858f788439a4f0b4951fe2d7a55/lib/python │
│ 3.10/site-packages/xcdat/dataset.py", line 234, in open_mfdataset │
│ ds = xr.open_mfdataset( │
│ File │
│ "/pscratch/sd/m/minxu/mytest_ref_2026-03-14/config/software/conda/pmp-a0cd98ec96f7c858f788439a4f0b4951fe2d7a55/lib/python │
│ 3.10/site-packages/xarray/backends/api.py", line 1597, in open_mfdataset │
│ raise OSError("no files to open") │
│ OSError: no files to open │
│ │
│ stderr: None
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 27
- Fork
- 14
- Merge medio
- 5g 9h
- PR unite (30g)
- 11
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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