Brain region specific mapping taxonomy files
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- data
Direzione di ricerca
Inizia da mapping_cells.md e verifica come lo strumento online rappresenta le tassonomie attualmente supportate. Determina se esistono file di tassonomia dell’Allen Brain Atlas specifici per l’ippocampo o se possono essere generati, e identifica cosa sarebbe necessario per condividerli o supportarli; il lavoro è completo quando la disponibilità e il percorso di supporto sono documentati o implementati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi there! As it says in the mapping_cells.md file, I'm filing this to see if it is possible to get allen brain atlas taxonomy mapping files that are not currently available/supported by the online tool. I have a dataset of mouse single cell hippocampus sequencing that I'd like to annotate specifically to the ABA mouse hippocampus annotated cells (from the HPF/hippocampus regions) instead of the whole mouse brain. Are these files something that exists/could be easily generated and shared?
Thanks for your help!
Sienna
If you are an internal Allen Institute user and just want to map to one of the taxonomies currently supported by the MapMyCells online app, email Scott Daniel, and he can provide you with the appropriate files. If you are an external user and want to map to one of the MapMyCells-supported taxonomies and the online MapMyCells app is for some reason insufficient for your purposes, please file an issue on this repository and we can discuss how to get you the relevant files.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 57
- Fork
- 10
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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