`cell_cell_schema.yaml` redefines `dataitem_id`, dropping `range: DataItem` and adding a projection-specific description

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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
68/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
yaml
Ambito
data

Direzione di ricerca

Leggi cell_cell_schema.yaml insieme a core_schema.yaml per confermare la definizione duplicata di dataitem_id e il suo effetto sullo schema unito. Rimuovi la ridefinizione oppure mantieni l'intervallo condiviso con una descrizione generica. Poi controlla brain_region_schema.yaml per verificare se BrainRegionAssociation risolve lo slot; il lavoro è terminato quando il duplicato e qualsiasi riferimento non risolto sono stati corretti.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug documentation schema

Problem

schemas/cell_cell_schema.yaml:99 redefines the shared dataitem_id slot from core_schema.yaml:55 (range: DataItem):

slots:
  dataitem_id:
    description: The DataItem for which projection measurements are reported.

It has no range, so the type falls back to string. connectivity_schema.yaml imports both core_schema and cell_cell_schema, so the merged schema has two top-level definitions of the same slot. Whichever one wins, this is an unintended duplicate. If the cell_cell_schema one wins, dataitem_id is no longer a DataItem reference and carries a projection-specific description.

Affected classes

Classes that use dataitem_id without their own range in slot_usage inherit the top-level definition:

  • SpatialLocation (spatial_schema.yaml:129, only required: true)
  • EmbeddingLocation (embedding_schema.yaml:80, only required: true)

Not affected, because slot_usage sets range: DataItem:

  • CellFeatureMeasurement (cell_features_schema.yaml:116)
  • CellGeneData (cell_gene_schema.yaml:26)
  • the DataItem/DataSet link class (core_schema.yaml:45)

Separate problem: BrainRegionAssociation (brain_region_schema.yaml:64) lists dataitem_id, but that file imports only base_schema and doesn't define the slot. It doesn't import core_schema or cell_cell_schema, so the slot may not resolve there.

Fix

Remove the dataitem_id redefinition at cell_cell_schema.yaml:99. If a projection-specific description is wanted, put it in slot_usage on the relevant class. Alternatively, keep the slot and set range: DataItem with a generic description.

Separately, either import core_schema in brain_region_schema.yaml or confirm BrainRegionAssociation resolves dataitem_id another way.

Lingua principale
Python
Stelle
4
Fork
1
Merge medio
5h 4m
PR unite (30g)
5

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