tseemann/snippy

Variant's visualization

Ouverte

#297 ouverte le 4 juil. 2019

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 (2 commentaires) (0 réaction) (1 personne assignée)Perl (123 forks)github user discovery
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Description

Hi,

I am using Snippy for studying the variants between two or more isolates. When I check the variants that appear in the vcf file from Snippy in IGV, I do not see those variants in the BAM files. I have realized that the correspondence is better when I compare a greater number of isolates. Could anybody help me?

Thank you very much!!!

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez les fichiers VCF et BAM pour vérifier l'alignement et examinez les paramètres d'appel de variants de Snippy.
Stack technique
perl
Domaine
cli
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Git
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50