tseemann/nullarbor

including low coverage sequences causes nullarbor to exit prematurely without error message

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#40 ouverte le 1 févr. 2016

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 (6 commentaires) (0 réaction) (1 personne assignée)Perl (39 forks)github user discovery
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Description

Nullarbor seemed to stop during assembly stage using spades - I couldn't see any error message. I found 2 sequences that were low coverage (9x and 17x), and when I re-ran nullarbor in the same folder using an edited Makefile excluding these two sequences, it ran as expected.

Guide contributeur

Direction de recherche
Inspectez le Makefile et les commandes d'assemblage de spades pour identifier pourquoi les séquences à faible couverture provoquent une sortie prématurée sans message d'erreur.
Stack technique
perl
Domaine
data
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Git
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
75