tseemann/nullarbor

Query: Mixed sample - separate reads?

Ouverte

#267 ouverte le 3 juin 2020

Voir sur GitHub
 (2 commentaires) (0 réaction) (1 personne assignée)Perl (39 forks)github user discovery
help wanted

Métriques du dépôt

Stars
 (144 étoiles)
Métriques de merge PR
 (Métriques PR en attente)

Description

Hi,

I'm not sure if this is possible but thought I would ask. I am working with mycobacteria and one of our samples is a mixed sample. I believe Karken can determine if samples are mixed and was wondering does it pick it up when you run Nullarbor? I am currently running a few samples to see. If it does, can you separate the reads? is it possible to separate reads in a mixed sample?

Cheers for any advice/tips!

P

Guide contributeur

Direction de recherche
Consultez la documentation et le code source de Nullarbor pour les fonctionnalités liées à la détection d'échantillons mixtes et à la séparation des lectures. Recherchez des options de ligne de commande comme contaminant ou mixed et examinez les étapes du pipeline impliquant Kraken.
Stack technique
perl
Domaine
bioinformatics
Type d'issue
Recherche
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
Moins d'une heure
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
GitBioinformatics
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
75