tseemann/mlst

Title fight: mlst vs cge

Ouverte

#102 ouverte le 19 mars 2021

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 (2 commentaires) (0 réaction) (1 personne assignée)Perl (58 forks)github user discovery
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Description

Trying to understand a discrepancy between my much loved mlst vs CGE webtool (https://cge.cbs.dtu.dk/services/).
I have an isolate of S.suis, sequenced with Illumina > denovo assembled contigs generated with unicycler. I am getting 100% match on an allele with CGE (mutS_408) but in mlst I am getting "novel" allele (mutS_317). When I take that novel allele output and run through CGE i get 100% match to CGE allele (mutS_408).

All inputs for mlst are default except for --novel and --csv flags.

Just trying to figure out where i might be generating errors.

love your work, thank you for maintaining mlst.

Guide contributeur

Direction de recherche
Comparez la sequence du nouvel allele signale par mlst avec la base de donnees CGE pour identifier les ecarts. Verifiez les sequences de reference utilisees par les deux outils.
Stack technique
perl
Domaine
data
Type d'issue
Bug
DifficultéDifficulté estimée pour un nouveau contributeur, de 1 pour un très petit changement à 5 pour un travail expert.
2
Temps estiméFourchette de temps approximative pour investiguer, implémenter, tester et préparer une pull request.
1-3 heures
Statut d'activitéDisponibilité apparente de l'issue : fraîche, active, ancienne, bloquée ou en attente d'un mainteneur.
Active
ClartéClarté avec laquelle l'issue explique le changement attendu, les critères d'acceptation et la prochaine étape.
Claire
Prérequis
Aucun
Accessibilité débutantScore de 1 à 100 estimant l'accessibilité de cette issue pour un premier contributeur.
50