Feature request/suggestion - point estimate with interval labels to aid in plotting
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data-visualization
Línea de trabajo
Revisa el comportamiento solicitado de las estimaciones puntuales y las etiquetas de intervalos, incluido el ejemplo de R proporcionado y sus combinaciones compatibles de media, mediana, moda, HDI y ETI. Determina el punto de entrada y la API adecuados de bayesplot, y luego define pruebas o ejemplos que verifiquen el formato y dejen claro cuándo la funcionalidad está completa.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I've found it very useful to have easy access to a 'label' providing a chosen point estimate and density interval, which can be added for example to graphs as a means of providing extra, concise information about a parameter or effect that is depicted. E.g., adding label with the median and 95% HDI from the posterior, or whatever other point estimate/interval you choose, in the form: 5.67 [4.33 - 6.01].
The following R code takes a posterior distribution in the form of a vector and returns a summary. You can ignore most of the probably very inelegant coding, but the function inside of this function called 'point.uncertainty' could be a useful place to begin if you think this feature may be useful.
This requires dplyr and hdinterval packages to run.
summarise.me <- function(posterior, name = "summary", interval = .95, p.e = "median", u.e = "hdi") {
hdi.bounds <- hdi(posterior, credMass = interval)
hdi.lower <- hdi.bounds["lower"]
hdi.upper <- hdi.bounds["upper"]
eti.upper <- quantile(posterior, probs = interval + ((1 - interval) / 2) )
eti.lower <- quantile(posterior, probs = (1 - interval) / 2)
mean <- mean(posterior)
median <- median(posterior)
mode <- (density(as.numeric(posterior))
$x[which.max(density(as.numeric(posterior))$y)])
hdi.width <- hdi.upper - hdi.lower
eti.width <- eti.upper - eti.lower
posterior.summary <-
tibble(name = name,
mean = mean,
median = median,
mode = mode,
hdi.lower = hdi.lower,
hdi.upper = hdi.upper,
hdi.width = hdi.width,
eti.lower = eti.lower,
eti.upper = eti.upper,
eti.width = eti.width,
interval = interval)
point.uncertainty <- function(summary, point.estimate = "mean", uncertainty = "hdi") {
if (point.estimate == "mean" & uncertainty == "hdi")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$mean)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.upper)),
"]" ,
sep = "")
} else if (point.estimate == "mode" & uncertainty == "hdi")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$mode)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.upper)),
"]" ,
sep = "")
} else if (point.estimate == "median" & uncertainty == "hdi")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$median)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$hdi.upper)),
"]" ,
sep = "")
} else if (point.estimate == "mean" & uncertainty == "eti")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$mean)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.upper)),
"]" ,
sep = "")
} else if (point.estimate == "mode" & uncertainty == "eti")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$mode)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.upper)),
"]" ,
sep = "")
}else if (point.estimate == "median" & uncertainty == "eti")
{
paste(sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$median)),
" [",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.lower)),
"-",
sub("^(-?)0.", "\\1.", sprintf("%.2f", summary$eti.upper)),
"]" ,
sep = "")
}
}
posterior.summary <- posterior.summary %>%
mutate(label = point.uncertainty(posterior.summary, point.estimate = p.e, uncertainty = u.e))
return(posterior.summary)
}
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 442
- Forks
- 93
- Merge medio
- 3 h 17 min
- PR fusionados (30 d)
- 2
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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