seqan/seqan3

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The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

Estrellas: 463
Forks: 90
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 31
Merge medio: 1 h 11 min
PR fusionados (30 d): 3

Lenguaje dominante: C++
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 19/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

type_name_as_string_test fails Abierto

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 14/4/2026
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Abierto

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/11/2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 comentarios · Abierto el 19/2/2025
Problem with installation on mac os x Abierto

question

seqan/seqan3#3286 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 6/9/2024
Improve SAM tag handling Abierto

feature/proposal

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3283 · Abierto el 12/8/2024
Score prealigned sequences Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3282 · Abierto el 9/8/2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 comentarios · Abierto el 19/5/2024
appending records to a .bam Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 comentario · Abierto el 5/3/2024
single-thread mode Abierto

feature/proposal question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 comentarios · Abierto el 23/2/2024
creating SAM file headers Abierto

documentation feature/proposal

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 comentario · Abierto el 16/2/2024
Convert vertor<dna5> to std:string Abierto

question

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 comentario · Abierto el 17/12/2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Abierto

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/11/2023
alignment slice positions Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 comentario · Abierto el 1/11/2023
several same-score pairwise alignments Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 comentarios · Abierto el 11/10/2023
Tests fail to compile Abierto

bug response needed

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 comentarios · Abierto el 10/9/2023
Use OS/system packaged sdsl library Abierto

question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 comentarios · Abierto el 2/7/2023
[Alignment] Is there a way to run align_pairwise without traceback? Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#3045 · 3 comentarios · Abierto el 12/8/2022
[IO] BAM index support Abierto

feature/proposal

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#2985 · 6 comentarios · Abierto el 21/5/2022
[IO] VCF/BCF support Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

seqan/seqan3#2953 · 2 comentarios · Abierto el 26/3/2022
[Alphabet] seqan3::concatenated_sequences benchmark Abierto

ready to tackle

seqan/seqan3#2951 · 7 comentarios · 1 asignado · Abierto el 21/3/2022
[Search] Query the text size Abierto

feature/proposal

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#2934 · 1 comentario · Abierto el 26/1/2022
[IO] Access list of file extensions of seqan3 I/O input classes Abierto

feature/proposal

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

seqan/seqan3#2927 · 1 comentario · Abierto el 10/1/2022
[Search] XOR Filters Abierto

feature/proposal

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

seqan/seqan3#2925 · 11 comentarios · Abierto el 7/1/2022
[IO] Parsing for genome alignment formats (MAF and HAL) Abierto

feature/proposal

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#2903 · 6 comentarios · Abierto el 25/11/2021
[Search] Shapes are the wrong way around Abierto

question

seqan/seqan3#2832 · 8 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/9/2021
[Alphabet] Alphabet types can no longer be constructed using their rank Abierto

documentation ready to tackle

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#2745 · 12 comentarios · 1 reacción · Abierto el 9/6/2021
[IO] Is there a neat way to pass only selected fields to SAM output? Abierto

documentation question ready to tackle

seqan/seqan3#2436 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 9/3/2021
[Infra] Python bindings Abierto

feature/proposal

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

seqan/seqan3#2232 · 1 comentario · 2 reacciones · Abierto el 2/11/2020
[Alignment] Multiple Sequence Alignment (MSA) and Alignment Graph Abierto

feature/proposal

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

seqan/seqan3#1763 · 10 comentarios · Abierto el 24/4/2020
[Infra] Use SIMD Everywhere Abierto

feature/proposal

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

seqan/seqan3#1391 · 3 comentarios · Abierto el 29/11/2019
[Alignment] Meta-issue Abierto

seqan/seqan3#314 · 7 comentarios · 2 asignados · Abierto el 1/8/2018

seqan/seqan3

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