Allow overwriting incorrect units in EDF header with mne.io.read_raw_edf
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 58/100
Línea de trabajo
Start with the units handling in mne/io/edf/edf.py, especially the check near line 494 that rejects replacing units already specified in the EDF header. Trace the existing mne.io.read_raw_edf tests for unit overrides and add coverage for replacing a specified unit; done means an incorrect header unit can be overridden and the resulting data can be exported to EDF.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Describe the new feature or enhancement
An EDF file I have has some channels that are in arbitrary units (i.e. misc channels) but the header incorrectly specifies uV. There appears to be no easy way to fix this in MNE directly: I'll need to correct the header externally.
This causes downstream issues when exporting to EDF because the range now has too many characters to fit in an EDF header field (edfio gives up).
Describe your proposed implementation
Would it be possible to update the units parameter of mne.io.read_raw_edf to allow over-writing an existing unit? Currently, this raises an error: only units that are unspecified in the EDF header are allowed to be modified on opening them.
Describe possible alternatives
Using an external tool to fix the header. This is annoying because I expected this to be possible with just MNE.
Additional context
No response
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 3.6k
- Forks
- 1.6k
- Merge medio
- 1 d 11 h
- PR fusionados (30 d)
- 82
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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