Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

instadeepai/winnow

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Confidence control and FDR estimation for de novo peptide sequencing

¿Es instadeepai/winnow apto para principiantes?

En los últimos 30 días, instadeepai/winnow fusionó 2 de 12 pull requests de colaboradores externos, y sus mantenedores suelen responder en 1 día. Ahora mismo hay 6 issues aptos para principiantes abiertos.

Estrellas
12
Forks
2
Issues abiertos para principiantes
6
Issues indexados
44
Merge medio
2 d 11 h
PR fusionados (30 d)
7
Lenguaje dominante
Python
Licencia
Apache-2.0
Último push a GitHub
21/10/2026
Última indexación
17/9/2026
Guía de contribución
Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes
Sin etiquetas para principiantes indexadas

Cómo contribuir a instadeepai/winnow

  1. Lee primero la guía de contribución: explica cómo quieren los mantenedores que se propongan, prueben y revisen los cambios.
  2. Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose, así que puedes ejecutarlo sin instalar todas sus herramientas.
  3. Tus contribuciones se publicarán bajo la licencia Apache-2.0 del proyecto.
  4. Elige uno de los 6 issues abiertos aptos para principiantes de abajo y comenta que quieres trabajar en él antes de empezar.
Para principiantes Todo
Abierto Todos

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

  • build: ship a py.typed marker so downstream type checkers use winnow's annotations
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    build

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

    instadeepai/winnow#288 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • feat: keep the original score columns when a loader transforms their values
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#287 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • fix: loaders silently discard predictions columns that clash with spectrum columns
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

    instadeepai/winnow#286 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: give every type: ignore a reason and tidy duplicated imports
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

    instadeepai/winnow#285 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: remove em dashes and emoji, add missing scope sentence, fix American spellings
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#284 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: modernise type annotations to Python 3.10 syntax
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

    instadeepai/winnow#283 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • ci: replace flake8 and pydocstyle with Ruff rules
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    ci refactor

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 56/100

    instadeepai/winnow#282 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • ci: cache pre-commit environments in the lint workflow
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    ci

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

    instadeepai/winnow#281 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • chore: remove GCP credentials script and Google Cloud CLI install
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 67/100

    instadeepai/winnow#280 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: generate the API reference from docstrings
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#279 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: convert the examples notebook to marimo
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

    instadeepai/winnow#278 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • ci: remove PR-Agent configuration
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    ci

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

    instadeepai/winnow#277 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: restructure documentation to one purpose per page
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#276 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: add an Explanation page
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 67/100

    instadeepai/winnow#275 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Greedy-decoded predictions: accept a single candidate, and flag that beam features are then constant
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#270 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Publish which fragment ions matched, not only the predicted ones
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

    instadeepai/winnow#269 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Train calibrators on AlphaPeptDeep and MS2PIP/DeepLC features: the general model is fitted on Prosit's
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    instadeepai/winnow#263 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Train a calibrator on InstaNovo v1.3.0 predictions: the general model is fitted on v1.2.0's
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

    instadeepai/winnow#262 · 1 comentario ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • feat: merged predict table with CSV, TSV or Parquet output
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#245 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • feat: accept parquet InstaNovo predictions
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#244 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: end calibration-feature pickle support
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

    instadeepai/winnow#243 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • fix: align InstaNovo tests with the default beam token log-probabilities prefix
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 88/100

    instadeepai/winnow#242 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: `DatabaseGroundedFDRControl.fit` mutates its input DataFrame
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

    instadeepai/winnow#228 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: Add PAASTA Bioinformatics Summer School 2026 notebook
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#216 · 2 comentarios ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Update the getting_started_with_winnow notebook
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#215 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: add Winnow logo to README
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 85/100

    instadeepai/winnow#209 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • docs: Add license for pretrained model
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100

    instadeepai/winnow#208 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • feat: add CLI command for PSM table assembly from Winnow output
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

    instadeepai/winnow#197 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Feat: Add precursor ion signal percentage feature
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

    instadeepai/winnow#145 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Feature: Allow processing of a folder of files at a time
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#139 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Refactor: Simplify storage format for predictions and target sequences
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#138 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Feature: Give more results file export options
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#137 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • feat: Implement Pointnovo data loading
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

    instadeepai/winnow#128 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: Remove use of iter_rows in DatasetLoader
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#106 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Migrate from pandas to polars
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    instadeepai/winnow#49 · 1 asignado ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • refactor: separate confidence into its own feature
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    refactor

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

    instadeepai/winnow#45 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • [FEATURE] Add Hyperscore calibration feature
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 10/100

    instadeepai/winnow#19 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • format_intensity_prediction_outputs assumes Prosit's inputs: MS2PIP raises KeyError: collision_energies
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#260 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • koina.intensity_model and koina.irt_model have no effect on a loaded calibrator
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 54/100

    instadeepai/winnow#257 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • koinapy cannot merge predictions from a model whose output width varies
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#256 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • Mass error raises a bare KeyError on any residue the loaded calibrator has no mass for
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#254 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • koina.constraints.unsupported_residues has no effect when a pretrained calibrator is loaded
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    instadeepai/winnow#252 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • A labelled dataset in mass-delta notation crashes predict with an omegaconf KeyError
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    instadeepai/winnow#251 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

  • InstaNovo v1.3.0's confidence column collides with the one the InstaNovo loader derives
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

    instadeepai/winnow#249 ·

    Los mantenedores suelen responder en 1 día

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