cytoscape

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• Cytoscape steals window focus when creating networks via REST API

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  cytoscape/py4cytoscape#156 · 1 comentario · Abierto el 16/10/2026

• Google Analytics loads before and regardless of cookie consent

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  cytoscape/cytoscape-web#855 · 1 comentario · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• App-developer and spec docs are out of date after 1.1.0

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  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 55/100

  cytoscape/cytoscape-web#854 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• CHANGELOG 1.1.0: entries that don't match the shipped code, and user-visible changes it leaves out

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  cytoscape/cytoscape-web#853 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Apps restored from an NDEx workspace are turned off without telling the user

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  cytoscape/cytoscape-web#851 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Dark-mode toggle has no way back to following the system setting

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  cytoscape/cytoscape-web#850 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• LLM Query: keep LLM Query Options (provider, endpoint, model, and optionally the API key) across reloads

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#849 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• "Apply Value to Selected Nodes/Edges" overwrites every row when nothing is selected

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#848 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Workspace row "Save to NDEx" behaves differently from Data ▸ Save Network to NDEx

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  cytoscape/cytoscape-web#847 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Browser's local-network prompt can appear before the Cytoscape Desktop permission explanation

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#846 · Abierto el 16/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Open in Cytoscape Desktop: tooltip, error and permission dialog state three different requirements (3.8.0, 3.6.0 + CyNDEx-2)

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  cytoscape/cytoscape-web#844 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Merge dialog: Difference tooltip says the base network is subtracted from the second, the reverse of what merge does

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  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

  cytoscape/cytoscape-web#843 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Style panel: pie and ring chart icons render empty when the chart has no start angle (NaN SVG path)

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  cytoscape/cytoscape-web#842 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• App Manager: default catalog fetches /apps.json from the site root, so it is empty under a non-root urlBaseName

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  cytoscape/cytoscape-web#826 · Abierto el 14/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Wheel zoom becomes much faster after switching from mouse to trackpad

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  cytoscape/cytoscape.js#3535 · Abierto el 14/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 5 días

• Direct store writes can land in the fresh database during a workspace reset or import

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#815 · Abierto el 12/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• duplicate app id and or names conventions need to be defined

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

  cytoscape/appstore#147 · Abierto el 6/10/2026

• some apps commands are failing on 3.10.5

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  cytoscape/cytoscape#42 · Abierto el 6/10/2026

• Make Microsoft openJDK compativle

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape#41 · 1 comentario · Abierto el 29/9/2026

• Load-from-NDEx dialog labels a PRIVATE-only tab "Private & Unlisted"

  Abierto

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  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 80/100

  cytoscape/cytoscape-web#744 · Abierto el 22/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add worked, downloadable example networks to the CX2 v2 specification page

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  cytoscape/cx#34 · Abierto el 18/9/2026

• Unix installer filename should state amd64

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  cytoscape/cytoscape-gui-distribution#17 · Abierto el 15/9/2026

• Installer support for linux aarch64

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  cytoscape/cytoscape-gui-distribution#16 · Abierto el 14/9/2026

• api-types: commit a generated API surface report and fail CI when it drifts

  Quizá libre de nuevo @keiono la tomó hace 31 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#730 · 1 asignado · Abierto el 12/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Create github action workflow to run nightly build of cytoscape

  Quizá libre de nuevo @sreuland la tomó hace 37 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-admin-scripts#9 · 2 asignados · Abierto el 9/9/2026

• Add command support

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  cytoscape/cy-community-detection#25 · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026

• Thirteen list surfaces render every row — virtualize them behind one shared primitive instead of three ad-hoc workarounds

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  cytoscape/cytoscape-web#715 · Abierto el 4/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Save Workspace to NDEx omits the style library — templates never leave the browser

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#708 · Abierto el 3/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Clear Local Workspace and Load Workspace destroy the style library and installed apps — all four tables live in the workspace-scoped `cyweb-db`

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#705 · Abierto el 3/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Store adoption: build one manifest yourself, then implement Gate 2

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web-app-examples#11 · Abierto el 1/9/2026

• cy-manifest.json in the ZIP archive

  Quizá libre de nuevo @keiono la tomó hace 53 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web-app-examples#8 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 24/8/2026

• "Case sensitive key values" checkbox in the join-table form is never applied

  Quizá libre de nuevo @Shamarvey1 la tomó hace 29 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#667 · 2 comentarios · Abierto el 6/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Cmd+K palette needs a command registry — 28 menu items are unaddressable JSX (rework 3/3)

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  cytoscape/cytoscape-web#663 · Abierto el 3/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Workspace-scoped search: summary corpus plus on-demand indexing of unopened networks (rework 2/3)

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#662 · Abierto el 3/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Search reports nothing and overwrites the selection — add a result set, docked results tab, and facets (rework 1/3)

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#661 · Abierto el 3/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Decide the in-app manual content format and the future of web-manual.cytoscape.org

  Abierto

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  documentation question

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  cytoscape/cytoscape-web#660 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Onboarding tour: 5 of 10 steps are skipped on an empty workspace

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#659 · Abierto el 3/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• UI libraries: 4 overlapping component systems (26% of bundle) + 6 zero-import dependencies

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#654 · Abierto el 1/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add identifier normalization using Node Normalization Service

  Quizá libre de nuevo @coleslaw481 la tomó hace 65 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/idmapper#40 · 1 asignado · Abierto el 30/7/2026

• Add NDEx 3 folder support

  Quizá libre de nuevo @coleslaw481 la tomó hace 63 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cy-ndex-2#84 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 30/7/2026

• Upgrade to React 19: 13 blocked deps + breaking federation share-scope change for apps

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#632 · Abierto el 25/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Debug mode: add a panel to inspect and override config.json values at runtime

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#624 · Abierto el 22/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Modernize the Desktop build and release path: consolidate repositories, automate builds, publish to Maven Central

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  discussion infrastructure

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  cytoscape/cytoscape#32 · Abierto el 17/7/2026

• Performance: writing networks, loading networks, layouts

  Quizá libre de nuevo @maxkfranz la tomó hace 92 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#602 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Documentation and Onboarding

  Quizá libre de nuevo @d2fong la tomó hace 91 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#597 · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• NDEx Integration Export and Auth

  Quizá libre de nuevo @d2fong la tomó hace 91 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#594 · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Data Persistence and Architecture Robustness

  Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#592 · 1 comentario · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Custom Graphics (CX2)

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  cytoscape/cytoscape-web#589 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Search and Selection

  Quizá libre de nuevo @d2fong la tomó hace 91 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape-web#588 · 1 asignado · Abierto el 16/7/2026

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• Add new command to open in cytoscape web app

  Quizá libre de nuevo @sreuland la tomó hace 93 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  cytoscape/cytoscape#31 · 1 asignado · Abierto el 15/7/2026