bridgedb

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• Adding chembl identifier to ensembl gene mapping

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#48 · 1 reacción · Abierto el 28/8/2026

• Add link to reporting issues or feature request

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  bridgedb/bridgedb.github.io#16 · Abierto el 28/8/2026

• Add new species

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  enhancement

  bridgedb/create-bridgedb-genedb-config#7 · 5 comentarios · 1 asignado · Abierto el 19/6/2026

• Update SysCodes on BridgeDb website

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  documentation enhancement

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

  bridgedb/datasources#54 · 1 comentario · Abierto el 30/1/2026

• update to RestLet 2.6

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#42 · 1 asignado · Abierto el 9/11/2025

• No response for AttributeSearch give PV error

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#40 · 1 asignado · Abierto el 2/5/2025

• link BridgeDb Java API docs

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  RSMM

  Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

  bridgedb/bridgedb.github.io#14 · Abierto el 14/7/2024

• Have the QC tool report on metadata alignment with DataCite

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  bridgedb/BridgeDb#243 · 1 comentario · Abierto el 16/5/2024

• Add testing before pushing to dockerhub

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  bridgedb/docker#54 · 2 asignados · Abierto el 6/5/2024

• Lines need updating and filter for entries only supported for the webservices

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  bridgedb/docker#48 · 1 asignado · Abierto el 30/4/2024

• BrowserFS Deprecated

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  bridgedb/bridgedbjs#42 · 2 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 23/3/2024

• GitHub to compile this plugin against a recent PathVisio release

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  bridgedb/BridgeDbConfig#2 · Abierto el 23/2/2024

• Unable to select species to connect BridgeDb Webservice

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  bridgedb/BridgeDbConfig#1 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 22/2/2024

• Add https://webservice.bridgedb.org/contents to Swagger?

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#25 · Abierto el 15/11/2023

• Add link to source code webpage

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#24 · Abierto el 9/11/2023

• Fill default values for each call

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#23 · 1 comentario · Abierto el 9/11/2023

• factor out plugins into separate repositories

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  bridgedb/BridgeDb#229 · 1 asignado · Abierto el 4/11/2023

• SSSOM /xref/ reply format

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#22 · 2 reacciones · 1 asignado · Abierto el 9/10/2023

• Explore Internal Server error

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#21 · 1 asignado · Abierto el 9/10/2023

• Include BridgeDb logo back into the Swagger UI

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

  bridgedb/BridgeDbWebservice#20 · Abierto el 29/9/2023

• URGENT: two of the bdb databases does not download with action

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  bridgedb/docker#45 · 6 comentarios · 3 asignados · Abierto el 29/8/2023

• Flexible setup of swagger

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  bridgedb/docker#44 · 1 comentario · Abierto el 29/8/2023

• find outdated CAS registry numbers

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  bridgedb/tiwid#25 · 2 comentarios · Abierto el 4/8/2023

• Tool to convert a Derby file to a SSSOM file

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  bridgedb/BridgeDb#222 · Abierto el 4/8/2023

• Add common species name to data downloads

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  bridgedb/bridgedb.github.io#13 · 1 comentario · Abierto el 5/6/2023

• add the new BridgeDb RShiny service?

  Quizá libre de nuevo @tabbassidaloii la tomó hace 1224 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/bridgedb.github.io#12 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 27/5/2023

• provide links to historic data

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  bridgedb/data#28 · 2 comentarios · Abierto el 16/4/2023

• add virus protein names as Symbols

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  bridgedb/Wikidata2Bridgedb#15 · 1 comentario · Abierto el 15/3/2023

• QC: test mapping files for expected databases

  Quizá libre de nuevo @egonw la tomó hace 1305 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/BridgeDb#218 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/3/2023

• Add archive link to Zenodo releases

  Quizá libre de nuevo @DeniseSl22 la tomó hace 1305 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/bridgedb.github.io#10 · 4 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/3/2023

• Finding the url automatically in the swagger

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  bridgedb/docker#31 · Abierto el 9/2/2023

• Project 4: Updated Wikidata-based ID mapping databases

  Quizá libre de nuevo @mkutmon la tomó hace 1335 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/nwo-hackathon-2023#4 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 5/2/2023

• set up the equiv of a VoID header file with provenance

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

  bridgedb/tiwid#19 · 1 comentario · Abierto el 14/11/2022

• describe data models on the website

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  bridgedb/BridgeDb#216 · Abierto el 26/10/2022

• add a new (life sciences) database with outdated identifiers

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  enhancement good first issue hacktoberfest help wanted

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  bridgedb/tiwid#15 · Abierto el 3/10/2022

• Data behind webservice

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  bridgedb/BridgeDbWebservice#5 · Abierto el 10/9/2022

• create VoID headers files default when saving and finalizing a Derby database

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  bridgedb/BridgeDb#210 · 1 comentario · Abierto el 12/7/2022

• Test failing org.bridgedb.rdf.identifiers.org.IdentifersOrgReaderTest #nwobridgedb

  Quizá libre de nuevo @hbasaric la tomó hace 1548 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/BridgeDb#204 · 1 asignado · Abierto el 7/7/2022

• Add protein PDB identifiers

  Quizá libre de nuevo @egonw la tomó hace 1607 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/Wikidata2Bridgedb#11 · 1 asignado · Abierto el 10/5/2022

• Variant mapping file is outdated

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  documentation

  bridgedb/bridgedb.github.io#8 · 1 comentario · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 21/4/2022

• Update readme

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  Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 45/100

  bridgedb/BridgeDb#198 · Abierto el 19/4/2022

• Derby Properties should report which data source provides attributes

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  bridgedb/BridgeDb#186 · Abierto el 24/3/2022

• the webservice should return the same attributes, independent of the metabolite data source used

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  bridgedb/BridgeDbWebservice#3 · 1 comentario · Abierto el 24/3/2022

• Work through FLOSS Best Practices Criteria and comply to all MUST

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  NWO Open Science

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  bridgedb/BridgeDb#176 · Abierto el 17/2/2022

• figure out how to cache Groovy deps [github action]

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  bridgedb/data#11 · Abierto el 20/1/2022

• figure out how to cache Ubuntu packages [github action]

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  bridgedb/data#10 · Abierto el 20/1/2022

• Integrating information from AlphaFold

  Quizá libre de nuevo @egonw la tomó hace 1704 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  bridgedb/BridgeDb#175 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 11/1/2022

• consider coursier to make binaries

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  bridgedb/BridgeDb#170 · Abierto el 5/9/2021

• java.lang.RuntimeException on groovysh :grab

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  bridgedb/BridgeDb#169 · Abierto el 2/9/2021

• contacting databases about this?

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  bridgedb/tiwid#5 · 2 comentarios · Abierto el 11/6/2021