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VH-Lab

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NDI-matlab
NDI (Neuroscience Data Interface) is a cross-platform interface standard for reading neuroscience data and storing the results of analyses

HTML · 15 estrellas
vhlab-toolbox-matlab
General purpose Matlab toolbox for neuroscience research created by Van Hooser lab and collaborators

MATLAB · 12 estrellas
NDR-matlab
Neuroscience Data Readers - A Matlab conglomerative library for reading neuroscience data files

MATLAB · 2 estrellas
NDIcalc-vis-matlab
NDI calculator objects and documents for vision research

MATLAB · 1 estrella
DID-matlab
Data Interface Database

MATLAB · 1 estrella
NDI-pyraview-matlab
NDI-matlab signal viewer

MATLAB · 0 estrellas
vhlab-library-matlab
VH Lab Matlab libraries; functions that manage and analyze VH lab experiments that are a less general than vhlab-toolbox-matlab

MATLAB · 0 estrellas
vhlab-NewStim-python
Python data readers for the vhlab-NewStim-matlab class

Python · 0 estrellas
vhlab-library-python
A python conversion of vhlab-library-matlab

Python · 0 estrellas
Pyraview
Routines for generating different views of data series (e.g., 1:100, 1:1000, 1:10000 views, etc)

MATLAB · 0 estrellas
vhlab-grading-matlab
Small programs / apps for grading

MATLAB · 0 estrellas
DID-python
DID database implementation in python

Python · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

ndi.cloud.authenticate silently uses the first organization for multi-org users Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#1005 · Abierto el 22/9/2026
Deprecate `ndi.app.oridirtuning` in favor of `ndi.calc.vis.oridir_tuning` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

VH-Lab/NDI-matlab#1001 · Abierto el 20/9/2026
extract_docs_files: staged file-series member copies (and the temp dir) leak on success in copy mode Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

VH-Lab/NDI-matlab#1000 · Abierto el 19/9/2026
Make ndi.common.PathConstants.TempFolder configurable at runtime Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#999 · Abierto el 19/9/2026
Design: speed_tuning_bootstrap calculator (bootstrap CIs on the spatiotemporal coupling index) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/NDIcalc-vis-matlab#108 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2026
Remove dead `stimloopsplitter_calc` schema from main Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 94/100

VH-Lab/NDIcalc-vis-matlab#107 · Abierto el 17/9/2026
did.document should mint the shape it was asked for, not always V_delta canonical (V2) Abierto

design V2

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/DID-matlab#204 · Abierto el 16/9/2026
File readers and GUIs should handle glacier-storage data gracefully (not just "file not found") Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

VH-Lab/NDI-matlab#996 · Abierto el 16/9/2026
GUI for managing document storage tiers (glacier ↔ standard) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

VH-Lab/NDI-matlab#995 · Abierto el 16/9/2026
Feature: Allow the light sheet ingestion to proceed directly into the cloud Abierto

enhancement

VH-Lab/NDI-matlab#983 · 1 asignado · Abierto el 12/9/2026
Export a bin1-only .gef (and .h5ad) back out of the documents Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#980 · Abierto el 9/9/2026
Multipart upload: single-file uploads are capped at 5 GB and fail late Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#978 · Abierto el 9/9/2026
`ndi.element` should reject whitespace in `name` and `type` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 75/100

VH-Lab/NDI-matlab#976 · Abierto el 8/9/2026
minor `syncTriggerTrains`: the seed for a candidate offset is anchored at pulse 1, not at the fingerprint that produced it Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

VH-Lab/NDI-matlab#975 · Abierto el 8/9/2026
Suggestion: rename the customFileHandler context mode 'add' to 'ingest' Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

VH-Lab/DID-matlab#195 · Abierto el 8/9/2026
Does updateObjectTypeMarker miss a dataset whose session_in_a_dataset belongs to another session? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#974 · Abierto el 8/9/2026
Note: the ndi-documents signed-url-set JOB route has never been called against a live server Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

VH-Lab/NDI-matlab#971 · Abierto el 7/9/2026
Refactor spatialGeneExpressionTiles onto DID file series (and number members from 1) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#938 · Abierto el 6/9/2026
Optional ingest-time gating for untrusted document sources Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

VH-Lab/DID-python#63 · Abierto el 4/9/2026
Optional ingest-time gating for untrusted document sources Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/DID-matlab#172 · Abierto el 4/9/2026
[Optional — design suggestion, not a bug] Folder scan merges every `*_L*.bin` in a directory into one dataset Abierto

enhancement optional question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/Pyraview#29 · Abierto el 3/9/2026
What vhlab-library-python and NDI-python actually need from here: five calls, and a .mat object reader under them Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/vhlab-NewStim-python#3 · Abierto el 2/9/2026
Question: should the presentation half be rebuilt on PsychoPy, in a separate repository? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/vhlab-NewStim-python#2 · Abierto el 2/9/2026
Two scope decisions left over from #6: the OldSpikeImporters lineage, and who builds the Python NewStim Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/vhlab-library-python#9 · Abierto el 2/9/2026
Add CI, and the MATLAB half of the symmetry tests against vhlab-library-python Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/vhlab-library-matlab#8 · Abierto el 2/9/2026
Add CI, and symmetry tests that check the port against vhlab-library-matlab Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/vhlab-library-python#7 · Abierto el 2/9/2026
Add reader-level symmetry coverage for SpikeGadgets Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VH-Lab/NDR-matlab#123 · Abierto el 28/8/2026
ExtracellularInfoTest/testReturnsImportedNeurons fails (verification) in the No-Cloud test suite Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#878 · 1 asignado · Abierto el 18/8/2026
Add a deterministic close()/delete() to the SQLite database object (root-cause for #870) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#873 · 1 comentario · Abierto el 13/8/2026
[Note / no action required] What it would take to move away from MATLAB datenums for timebases/timestamps Abierto

documentation wontfix

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

VH-Lab/DID-matlab#147 · Abierto el 14/6/2026
Add imageseries acquisition/ingest/read machinery to NDI 1 (image daq.system + daq.reader + element/probe) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#823 · Abierto el 10/6/2026
Batched multi-neuron spike-time reads for a single epoch (avoid per-element readtimeseries) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-pyraview-matlab#11 · Abierto el 5/6/2026
Batched multi-neuron spike-time reads for a single epoch (avoid per-element readtimeseries Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#822 · 1 asignado · Abierto el 5/6/2026
Add an optional array of external programs to the `app` document (provenance for external import pipelines) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

VH-Lab/NDI-matlab#820 · Abierto el 5/6/2026
[did2 #16] Pre-release checklist: V_delta → V2 rename, test audit, real-work exploration Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 32/100

VH-Lab/NDI-matlab#804 · Abierto el 25/5/2026
[ndi-cloud-node] e2e tests for the dataset write-lock API (follow-up to #784) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#794 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #774c] Deprecate src/ndi/ndi_common/schema_documents/ in favor of the DID-schema loader Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#789 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #15] Release notes, deprecation timeline, version bump Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#788 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #14] Migration guide (user-facing docs) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

VH-Lab/NDI-matlab#787 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #13] Cross-version cloud test: old NDI + new NDI on the same dataset Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#786 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #12] Corpus end-to-end tests for the migration path Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

VH-Lab/NDI-matlab#785 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #11] [ndi-cloud-node] Dataset writeLock: exclusive write lease + 423 rejection Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 48/100

VH-Lab/NDI-matlab#784 · Abierto el 19/5/2026
[did2 #9] ndi.migrate.local: migrate a local dataset/session to V_delta Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#782 · Abierto el 19/5/2026
metadata editor - open minds has changed dataset fields, author no longer there, instead contribution, and contributorAffiliation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

VH-Lab/NDI-matlab#768 · Abierto el 4/5/2026
check openMinds 5.0 -- some instance names have changed (the leading url) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 20/100

VH-Lab/NDI-matlab#767 · Abierto el 4/5/2026
Update calc docs so it finds document superclasses correctly Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#722 · 1 asignado · Abierto el 24/3/2026
ndi.cloud.internal.getCloudDatasetIdForLocalDataset should be easier to find Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#633 · 1 asignado · Abierto el 21/1/2026
add a delete session and delete dataset method Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#630 · 1 asignado · Abierto el 21/1/2026
epochProbeMapMaker - needs to have epoch Group number instead of rowname Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

VH-Lab/NDI-matlab#437 · Abierto el 29/8/2025
ndi.ontology.clearCache not clearing oboDataCache Abierto

VH-Lab/NDI-matlab#425 · 1 asignado · Abierto el 28/7/2025

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