SACGF/variantgrid

VariantGrid public repo

Estrellas: 31
Forks: 4
Issues abiertos para principiantes: 8
Issues indexados: 498
Merge medio: 10 h 31 min
PR fusionados (30 d): 36

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 25/9/2026
Última indexación: 16/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: good first issue

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Incomplete AnnotationRuns are abandoned forever once their annotation version goes HISTORICAL (and pre-#1654 rangeless orphans remain on deployments) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1940 · Abierto el 24/9/2026
DataTable executes get_initial_query just to get csv_name if one isn't provided Abierto

SACGF/variantgrid#1913 · 1 asignado · Abierto el 24/9/2026
Mutational Signatures: is anyone using it? Remove or replace Abierto

Refactoring

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 40/100

SACGF/variantgrid#1912 · 1 comentario · Abierto el 24/9/2026
Knowledge-base backing for gene-level splice variants (known isoforms: AR-V7, EGFRvIII, MET exon 14 skipping) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1909 · 1 comentario · Abierto el 23/9/2026
IGV links for gene-level splice variants, from the caller's breakpoints in the splice observation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

SACGF/variantgrid#1908 · Abierto el 23/9/2026
Rename EffectiveDateType.CURATED => CLASSIFIED Abierto

Refactoring

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100

SACGF/variantgrid#1907 · 2 comentarios · 2 asignados · Abierto el 23/9/2026
Prune global.scss and split it into partials by concern Abierto

Refactoring

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1906 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 23/9/2026
Store the DRAGEN TSO500 CombinedVariantOutput as a seqauto record - TMB/MSI/GIS are results of one analysis, not properties of the specimen Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1904 · 1 comentario · Abierto el 23/9/2026
Import SpliceGirl SpliceVariants.vcf as gene-level splice variants, and stop taking variants from the CombinedVariantOutput Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1903 · 1 comentario · Abierto el 23/9/2026
Gene-level variants: c.HGVS / g.HGVS spacing and 'splice' suffix Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

SACGF/variantgrid#1902 · Abierto el 23/9/2026
Show resolved variant tags as a TagConfigCollection setting, so a lab can keep the 'scan SomaticReportable in other analyses' workflow Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

SACGF/variantgrid#1901 · Abierto el 23/9/2026
Classify & Report - classifying a patient level tag picks an arbitrary sample, leaving zygosity blank Abierto

SACGF/variantgrid#1899 · 1 asignado · Abierto el 22/9/2026
Somatic classification validation says "Classification requires a value" when Somatic Clinical Significance would satisfy it Abierto

SACGF/variantgrid#1893 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 22/9/2026
Related data - analysis - Patient - SampleNode doesn't show through patient Abierto

SACGF/variantgrid#1889 · 1 asignado · Abierto el 21/9/2026
Analysis template - samplenode filters are not being applied correctly Abierto

Analysis Templates

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

SACGF/variantgrid#1886 · Abierto el 18/9/2026
SampleNode editor: FILTER checkboxes ambiguous - one per line with descriptions Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

SACGF/variantgrid#1884 · Abierto el 18/9/2026
Classification grids show matched variants without c.HGVS as 'not resolved' Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

SACGF/variantgrid#1878 · Abierto el 17/9/2026
Splice events: describe the junction behind a label (transcript + exons, or breakpoints) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1877 · Abierto el 16/9/2026
Search - gene level variants Abierto

SACGF/variantgrid#1876 · 1 asignado · Abierto el 16/9/2026
TSO 500 splice calls: represent RNA junctions as their own thing, not genomic <DEL>s Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

SACGF/variantgrid#1875 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026
Case report Word generation: monospaced Results Summary and DRAFT banner Abierto

SACGF/variantgrid#1874 · 1 asignado · Abierto el 15/9/2026
TSO 500 case report: manual pass over the printed document (HTML/PDF) Abierto

SACGF/variantgrid#1873 · 1 asignado · Abierto el 15/9/2026
Shariant JSON API returning HTML Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1872 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 15/9/2026
Gene fusions: classification equivalence/discordance and breakend (BND) representation, deferred from #1506 Abierto

somatic

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SACGF/variantgrid#1871 · Abierto el 14/9/2026
Patient CSV cannot name the DNA and RNA arms of one specimen Abierto

Has Plan Patients

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

SACGF/variantgrid#1870 · Abierto el 14/9/2026
Analysis node CSV export: plain .csv with a shorter filename Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

SACGF/variantgrid#1866 · Abierto el 14/9/2026
Patient code over name Abierto

SACGF/variantgrid#1860 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 10/9/2026
Speed up the unit test suite v2: setUpTestData deep-copies, audit tests, timing runner Abierto

optimisation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SACGF/variantgrid#1858 · Abierto el 10/9/2026
Analysis Nodes with samples - dealing with SampleNode patient (multiple samples) Abierto

SACGF/variantgrid#1855 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 9/9/2026
MME - MatchMakerExchange - tags and view of queries Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SACGF/variantgrid#1852 · Abierto el 9/9/2026
Fusion gene overlap: renamed symbol side and annotation race lose the 5' partner from gene lists Abierto

Annotation Gene Has Test Case

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1851 · Abierto el 9/9/2026
somalier_existing_vcfs: batch ancestry across VCFs and fan extracts out to celery Abierto

Has Plan

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1850 · Abierto el 9/9/2026
Related samples table is not permission filtered - names samples the user can't view Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1843 · Abierto el 8/9/2026
Somalier - skip ancestry/relate for VCFs below a minimum number of genotyped sites Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1842 · Abierto el 8/9/2026
Gene Amplifications Abierto

SACGF/variantgrid#1836 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 7/9/2026
Gene-level Classifications (Fusions, Amp, splicing) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

SACGF/variantgrid#1835 · 3 comentarios · Abierto el 7/9/2026
Front page - Update images of analysis nodes Abierto

SACGF/variantgrid#1824 · 1 asignado · Abierto el 3/9/2026
Agent-legible VariantGrid: knowledge layers, vg introspection commands, verification loops, .claude harness Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 28/100

SACGF/variantgrid#1816 · Abierto el 31/8/2026
GeneGrid: replace hand-rolled table JS with Tabulator Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1811 · Abierto el 31/8/2026
Cohort node - minimum sample count per gene (not per variant) Abierto

Analysis

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

SACGF/variantgrid#1807 · Abierto el 31/8/2026
Variant details samples grid - IGV link per sample, loading that sample's BAM Abierto

Variant Details

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

SACGF/variantgrid#1805 · Abierto el 31/8/2026
Gene page: classification summary counts Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 70/100

SACGF/variantgrid#1803 · Abierto el 31/8/2026
Remaining duplicate implementations: annotation, snpdb, and cross-app pairs Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SACGF/variantgrid#1801 · Abierto el 31/8/2026
Duplicate implementations in the classification app (two of them dead, drifted code) Abierto

Wait for Merge

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SACGF/variantgrid#1796 · Abierto el 30/8/2026
Dead code sweep: 77 unreferenced Python symbols, 5 templates, 49 static assets, and two dormant subsystems Abierto

Wait for Merge

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 32/100

SACGF/variantgrid#1795 · Abierto el 30/8/2026
Analysis: dedicated Structural Variant node for AnnotSV columns Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

SACGF/variantgrid#1793 · 1 comentario · Abierto el 28/8/2026
Download cut-down jQuery UI and Plotly builds (~2.5MB of unused JS shipped) Abierto

Refactoring

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

SACGF/variantgrid#1790 · 3 comentarios · Abierto el 28/8/2026
Analysis nodes: variant type, variant identifiers, classification/ClinVar filtering Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SACGF/variantgrid#1789 · 4 comentarios · Abierto el 28/8/2026
Web request concurrency: gunicorn runs 8 sync workers — evaluate gthread (and why not async Django) Abierto

Deployment enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

SACGF/variantgrid#1786 · Abierto el 27/8/2026
Classification upload API: run condition text automatch async, batched after accepting the upload Abierto

SACGF/variantgrid#1780 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 26/8/2026

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